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- PDB-3k1j: Crystal structure of Lon protease from Thermococcus onnurineus NA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1j
タイトルCrystal structure of Lon protease from Thermococcus onnurineus NA1
要素ATP-dependent protease Lon
キーワードHYDROLASE / ATP-dependent protease / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lon protease, archaeal / LonB-like, AAA domain / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / Lon proteolytic domain profile. ...Lon protease, archaeal / LonB-like, AAA domain / LonB, AAA+ ATPase LID domain, archaeal-type / Archaeal LonB, AAA+ ATPase LID domain / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Archaeal Lon protease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cha, S.S. / An, Y.J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Lon protease: molecular architecture of gated entry to a sequestered degradation chamber
著者: Cha, S.S. / An, Y.J. / Lee, C.R. / Lee, H.S. / Kim, Y.G. / Kim, S.J. / Kwon, K.K. / De Donatis, G.M. / Lee, J.H. / Maurizi, M.R. / Kang, S.G.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent protease Lon
B: ATP-dependent protease Lon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,1416
ポリマ－133,5622
非ポリマー1,5794
水15,043835
1
A: ATP-dependent protease Lon
B: ATP-dependent protease Lon
ヘテロ分子

A: ATP-dependent protease Lon
B: ATP-dependent protease Lon
ヘテロ分子

A: ATP-dependent protease Lon
B: ATP-dependent protease Lon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,42418
ポリマ－400,6866
非ポリマー4,73812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area43510 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area125910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.454, 121.454, 195.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-824-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent protease Lon / lon protease


分子量: 66780.984 Da / 分子数: 2 / 変異: S523A, K566A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YU74
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch crystallization method / 詳細: batch crystallization method, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 109482 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2
反射 シェル最高解像度: 2 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 67288.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 5516 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 109482 99.7 %-
all-109812 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.6378 Å2 / ksol: 0.334197 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å22.34 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8678 0 74 835 9587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 942 5.2 %
Rwork0.301 17169 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4adp.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5pg8.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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