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- PDB-3k0p: Cryogenic structure of CypA mutant Ser99Thr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k0p
タイトルCryogenic structure of CypA mutant Ser99Thr
要素Cyclophilin A
キーワードISOMERASE / proline isomerase / Cyclosporin / Host-virus interaction / Isopeptide bond / Phosphoprotein / Rotamase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of viral life cycle / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of viral life cycle / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / positive regulation of protein secretion / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Fraser, J.S. / Alber, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Hidden alternative structures of proline isomerase essential for catalysis.
著者: Fraser, J.S. / Clarkson, M.W. / Degnan, S.C. / Erion, R. / Kern, D. / Alber, T.
履歴
登録2009年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0511
ポリマ－18,0511
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.683, 59.683, 94.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-174-

HOH

21A-255-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyclophilin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Rotamase A / Cyclosporin A-binding protein


分子量: 18050.529 Da / 分子数: 1 / 変異: S99T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M DL-malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 24067 / Num. obs: 23875 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2180 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICE/ELVESデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_172)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2cpl

2cpl


解像度: 1.649→31.42 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.17 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1757 1931 8.39 %phenix.refine
Rwork0.1472 ---
obs0.1496 23026 95.79 %-
all-24067 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.428 Å2 / ksol: 0.441 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6787 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6787 Å2-0 Å2
3----1.3573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→31.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 0 218 1459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4451702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.241459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6493-1.69050.25821190.19851238X-RAY DIFFRACTION79
1.6905-1.73630.21081320.16551379X-RAY DIFFRACTION91
1.7363-1.78730.20421290.14091456X-RAY DIFFRACTION93
1.7873-1.8450.19981300.14061468X-RAY DIFFRACTION95
1.845-1.9110.18861410.13731498X-RAY DIFFRACTION96
1.911-1.98750.15751370.12951508X-RAY DIFFRACTION97
1.9875-2.07790.15791390.13091523X-RAY DIFFRACTION98
2.0779-2.18740.15221400.12421528X-RAY DIFFRACTION98
2.1874-2.32440.16371410.13081542X-RAY DIFFRACTION98
2.3244-2.50380.19311420.13611539X-RAY DIFFRACTION98
2.5038-2.75570.19521410.14871547X-RAY DIFFRACTION99
2.7557-3.15410.1631400.15681585X-RAY DIFFRACTION99
3.1541-3.97260.14461480.131614X-RAY DIFFRACTION99
3.9726-31.4260.17281520.15881670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.16810.09390.16350.25760.18970.2062-0.0359-0.0050.0153-0.01090.01660.0056-0.0690.00180.00440.1125-0.02210.00360.087-0.0090.097615.5234-11.221310.0263
20.23620.08170.13380.22490.04840.3988-0.013-0.01450.01790.02620.05540.1042-0.0258-0.0517-0.00880.1089-0.0077-0.00730.08340.00730.0999
30.3341-0.09580.30180.59260.02720.2933-0.0008-0.0107-0.1537-0.16550.04020.270.139-0.2067-0.08490.127-0.0247-0.04090.1230.03780.1689
40.1170.0915-0.02540.28680.02480.0877-0.03030.0357-0.0246-0.0560.04020.00120.00890.03140.0040.0972-0.02290.00630.0873-0.00090.0799
50.62250.04760.11830.12630.0090.2372-0.0061-0.0386-0.2016-0.0083-0.0097-0.1412-0.03230.0042-0.00990.0867-0.0218-0.00650.0946-0.00350.1267
60.15620.2360.13220.36470.15940.20870.1-0.0472-0.10260.1429-0.10480.0440.3128-0.1414-0.02490.2068-0.0602-0.01220.1246-0.0130.1332
70.22630.11440.17520.29450.39940.536-0.1016-0.08120.06340.01580.03580.1703-0.0433-0.13020.07890.1135-0.00690.0330.10830.00540.0955
精密化 TLSグループSelection details: chain A and resid 152:163)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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