[日本語] English
万見
- PDB-3jzd: Crystal structure of Putative alcohol dehedrogenase (YP_298327.1)... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jzd
タイトルCrystal structure of Putative alcohol dehedrogenase (YP_298327.1) from RALSTONIA EUTROPHA JMP134 at 2.10 A resolution
要素Iron-containing alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / YP_298327.1 / Putative alcohol dehedrogenase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


マレイル酢酸レダクターゼ / maleylacetate reductase activity / : / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
マレイル酢酸レダクターゼ / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich ...マレイル酢酸レダクターゼ / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / マレイル酢酸レダクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative alcohol dehedrogenase (YP_298327.1) from RALSTONIA EUTROPHA JMP134 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
C: Iron-containing alcohol dehydrogenase
D: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,04825
ポリマ－150,4744
非ポリマー4,57421
水15,817878
1
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,42213
ポリマ－75,2372
非ポリマー2,18511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
2
C: Iron-containing alcohol dehydrogenase
D: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,62612
ポリマ－75,2372
非ポリマー2,38910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.841, 143.841, 169.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A4 - 357
2115B4 - 357
3115C4 - 357
4115D4 - 357
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Iron-containing alcohol dehydrogenase


分子量: 37618.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / 遺伝子: Reut_B4129, YP_298327.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46TQ1

-
非ポリマー , 9種, 899分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1900M CaCl2, 5.0000% Glycerol, 26.6000% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97833
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97833 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.709 Å / Num. obs: 117762 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.926 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.170.831.56032221196199.3
2.17-2.260.6621.96806423662199.5
2.26-2.360.5322.46412222253199.6
2.36-2.490.4163.16878323826199.6
2.49-2.640.3194.16356321909199.6
2.64-2.850.2395.36804123462199.5
2.85-3.130.15586489822296199.6
3.13-3.590.08313.66757723200199.6
3.59-4.510.04721.86569622514199.4
4.51-29.7090.034286690722839199

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 8.407 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.145
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.ENDOGENOUS NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE (NAD) HAS BEEN MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE BASED ON CLEAR ELECTRON DENSITY IN THE EXPERIMENTALLY PHASED DENSITY MODIFIED MAPS. 5.CALCIUM (CA), CHLORIDE (CL) AND PEG FRAGMENTS (PEG, PGE, PG4 AND P6G) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 5902 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 117704 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.77 Å2 / Biso mean: 24.674 Å2 / Biso min: 3.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.24 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10282 0 295 878 11455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210902
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.99814893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983317603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.41851448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.77222.289415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.208151552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.93815106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21327090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.24822890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.257411268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.47863812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.43583607
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2048MEDIUM POSITIONAL0.250.5
2B2048MEDIUM POSITIONAL0.220.5
3C2048MEDIUM POSITIONAL0.180.5
4D2048MEDIUM POSITIONAL0.180.5
1A2070LOOSE POSITIONAL0.475
2B2070LOOSE POSITIONAL0.475
3C2070LOOSE POSITIONAL0.415
4D2070LOOSE POSITIONAL0.445
1A2048MEDIUM THERMAL3.662
2B2048MEDIUM THERMAL2.342
3C2048MEDIUM THERMAL3.472
4D2048MEDIUM THERMAL2.22
1A2070LOOSE THERMAL3.7110
2B2070LOOSE THERMAL3.6410
3C2070LOOSE THERMAL3.6910
4D2070LOOSE THERMAL2.8310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 456 -
Rwork0.255 8122 -
all-8578 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2847-0.07480.0020.27090.27260.843-0.0119-0.0166-0.00560.02710.0086-0.01090.01390.06060.00330.038-0.01120.00430.02560.01170.01092.003586.034710.5351
20.50640.09510.38730.71450.28160.6501-0.01430.0637-0.0042-0.06730.049-0.0782-0.05140.0724-0.03460.0867-0.01230.02880.0129-0.00450.01686.9061107.4393-19.5602
30.1692-0.12720.08072.08261.02941.30080.0122-0.0158-0.0480.14560.293-0.57130.02280.2954-0.30520.0522-0.0186-0.0280.0926-0.0910.227528.5506135.754815.7847
40.2745-0.29460.18031.80440.06370.40480.0243-0.0519-0.04040.2639-0.00210.19450.1103-0.0727-0.02210.105-0.03970.0290.02450.00020.0357-7.7541133.376422.3043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 357

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る