PDB-3jz4: Crystal structure of E. coli NADP dependent enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jz4

タイトル

Crystal structure of E. coli NADP dependent enzyme

要素

Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tetramer / NADP binding / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

glutarate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / cellular detoxification / NADP binding / protein homotetramerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Langendorf, C.G. / Key, T.L.G. / Fenalti, G. / Kan, W.T. / Buckle, A.M. / Caradoc-Davies, T. / Tuck, K.L. / Law, R.H.P. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: The X-ray crystal structure of Escherichia coli succinic semialdehyde dehydrogenase; structural insights into NADP+/enzyme interactions.
著者: Langendorf, C.G. / Key, T.L. / Fenalti, G. / Kan, W.T. / Buckle, A.M. / Caradoc-Davies, T. / Tuck, K.L. / Law, R.H. / Whisstock, J.C.

履歴

登録	2009年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jz4.cif.gz	369.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jz4.ent.gz	303.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/3jz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/3jz4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3ek1-1 4v6h-6 2w8p-2 5kf0-d 3k2w-1 3ek1-2 4qyj-1 2w8o-2 4pxl-1 5mz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+]

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+]

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+]

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+]

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.885, 151.885, 165.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	A	A	2 - 9	2 - 9
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	B	B	2 - 9	2 - 9
3	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	C	C	2 - 9	2 - 9
4	1	LEU	LEU	ARG	ARG	1	D	D	2 - 9	2 - 9
1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	1	A	A	10 - 208	10 - 208
2	2	GLN	GLN	VAL	VAL	1	B	B	10 - 208	10 - 208
3	2	GLN	GLN	VAL	VAL	1	C	C	10 - 208	10 - 208
4	2	GLN	GLN	VAL	VAL	1	D	D	10 - 208	10 - 208
1	3	THR	THR	ALA	ALA	6	A	A	209 - 214	209 - 214
2	3	THR	THR	ALA	ALA	6	B	B	209 - 214	209 - 214
3	3	THR	THR	ALA	ALA	6	C	C	209 - 214	209 - 214
4	3	THR	THR	ALA	ALA	6	D	D	209 - 214	209 - 214
1	4	VAL	VAL	MET	MET	1	A	A	215 - 312	215 - 312
2	4	VAL	VAL	MET	MET	1	B	B	215 - 312	215 - 312
3	4	VAL	VAL	MET	MET	1	C	C	215 - 312	215 - 312
4	4	VAL	VAL	MET	MET	1	D	D	215 - 312	215 - 312
1	5	SER	SER	HIS	HIS	6	A	A	313 - 316	313 - 316
2	5	SER	SER	HIS	HIS	6	B	B	313 - 316	313 - 316
3	5	SER	SER	HIS	HIS	6	C	C	313 - 316	313 - 316
4	5	SER	SER	HIS	HIS	6	D	D	313 - 316	313 - 316
1	6	ILE	ILE	PRO	PRO	1	A	A	317 - 329	317 - 329
2	6	ILE	ILE	PRO	PRO	1	B	B	317 - 329	317 - 329
3	6	ILE	ILE	PRO	PRO	1	C	C	317 - 329	317 - 329
4	6	ILE	ILE	PRO	PRO	1	D	D	317 - 329	317 - 329
1	7	LEU	LEU	ALA	ALA	4	A	A	330 - 359	330 - 359
2	7	LEU	LEU	ALA	ALA	4	B	B	330 - 359	330 - 359
3	7	LEU	LEU	ALA	ALA	4	C	C	330 - 359	330 - 359
4	7	LEU	LEU	ALA	ALA	4	D	D	330 - 359	330 - 359
1	8	HIS	HIS	ASN	ASN	3	A	A	360 - 365	360 - 365
2	8	HIS	HIS	ASN	ASN	3	B	B	360 - 365	360 - 365
3	8	HIS	HIS	ASN	ASN	3	C	C	360 - 365	360 - 365
4	8	HIS	HIS	ASN	ASN	3	D	D	360 - 365	360 - 365
1	9	PHE	PHE	ALA	ALA	4	A	A	366 - 400	366 - 400
2	9	PHE	PHE	ALA	ALA	4	B	B	366 - 400	366 - 400
3	9	PHE	PHE	ALA	ALA	4	C	C	366 - 400	366 - 400
4	9	PHE	PHE	ALA	ALA	4	D	D	366 - 400	366 - 400
1	10	ASP	ASP	GLU	GLU	1	A	A	401 - 462	401 - 462
2	10	ASP	ASP	GLU	GLU	1	B	B	401 - 462	401 - 462
3	10	ASP	ASP	GLU	GLU	1	C	C	401 - 462	401 - 462
4	10	ASP	ASP	GLU	GLU	1	D	D	401 - 462	401 - 462
1	11	GLY	GLY	TYR	TYR	6	A	A	463 - 466	463 - 466
2	11	GLY	GLY	TYR	TYR	6	B	B	463 - 466	463 - 466
3	11	GLY	GLY	TYR	TYR	6	C	C	463 - 466	463 - 466
4	11	GLY	GLY	TYR	TYR	6	D	D	463 - 466	463 - 466
1	12	GLY	GLY	LEU	LEU	1	A	A	467 - 481	467 - 481
2	12	GLY	GLY	LEU	LEU	1	B	B	467 - 481	467 - 481
3	12	GLY	GLY	LEU	LEU	1	C	C	467 - 481	467 - 481
4	12	GLY	GLY	LEU	LEU	1	D	D	467 - 481	467 - 481

詳細

Four monomers related by non-crystallographic 222 symetry

#1: タンパク質	Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NADP+] / SSDH / NADP dependent enzyme 分子量: 51677.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC1061 / 遺伝子: b2661, gabD, JW2636, NA / プラスミド: pRSETc / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P25526, succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS SAID THEY BELIEVE THE MISMATCH OBSERVED REPRESENTS A NATURALLY OCCURRING VARIANT OF THE ...THE AUTHORS SAID THEY BELIEVE THE MISMATCH OBSERVED REPRESENTS A NATURALLY OCCURRING VARIANT OF THE E. COLI SSADH GENE. AUTHORS SEQUENCED MANY SSADH CDNA SEQUENCES FROM GENOMIC DNA ISOLATED FROM THE E. COLI VARIANT MC1061 AND FOUND THIS MISMATCH OCCURRED IN ALL SEQUENCES. THE MISMATCH ARISES FROM A SINGLE NUCLEOTIDE CHANGE FROM GTG TO ATG RESULTING IN A CHANGE IN THE PROTEIN SEQUENCE VAL TO MET.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium tartrate, 30 % PEG 3350, 10 mM 2-mercaptoethanol, 0.1 M tris, pH 7.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月15日 / 詳細: NA
放射	モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→37.56 Å / Num. obs: 74567 / R_merge(I) obs: 0.188
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→37.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.169 / WR_factor R_work: 0.135 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 13.053 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.518 / SU R_free: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3717	5 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.17	74545	86.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.15 Å² / B_iso mean: 19.734 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14380	0	192	331	14903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	15060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.979	20475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.056	5	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.037	24.664	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.89	15	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.936	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	7251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	10370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.456	4	9851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.191	6	15300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.845	4	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.775	6	5150

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	2939	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
B	2939	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
C	2939	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
D	2939	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
A	467	MEDIUM POSITIONAL	0.6	0.5
B	467	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
C	467	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
D	467	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
A	107	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
B	107	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
C	107	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
D	107	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
A	2939	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
B	2939	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
C	2939	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
D	2939	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
A	467	MEDIUM THERMAL	0.74	2
B	467	MEDIUM THERMAL	0.68	2
C	467	MEDIUM THERMAL	0.66	2
D	467	MEDIUM THERMAL	0.61	2
A	107	LOOSE THERMAL	5.27	10
B	107	LOOSE THERMAL	2.6	10
C	107	LOOSE THERMAL	2.91	10
D	107	LOOSE THERMAL	2.24	10

LS精密化シェル

最高解像度: 2.3 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	246	-
R_work	0.17	4599	-
all	-	4845	-
obs	-	74567	77.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0855	-0.5949	0.1826	1.3283	-0.7105	1.3322	0.0628	0.1446	0.0794	-0.1138	-0.0783	-0.1429	-0.0358	0.1623	0.0155	0.0244	-0.0024	0.047	0.1192	0.0066	0.0769	-6.663	42.5695	9.8909
2	0.3491	-0.0223	-0.1254	0.2799	0.0717	0.2499	0.0194	-0.0011	0.0186	-0.0213	-0.0026	-0.017	0.0173	0.0115	-0.0168	0.0567	0.0094	0.0009	0.0788	-0.0108	0.0674	-18.8533	38.6646	22.3396
3	3.8948	-0.1409	-1.1066	0.9834	-0.2592	1.9213	0.1395	0.3585	0.1655	-0.1257	-0.0385	0.0371	-0.0567	-0.1456	-0.101	0.0436	0.0277	-0.0047	0.0345	0.0388	0.0473	-37.7593	60.4983	11.5624
4	1.385	-1.0486	0.2867	1.656	-0.2946	0.5432	-0.0647	0.0367	0.0805	0.0762	0.0346	0.0265	-0.0008	-0.0565	0.0301	0.055	-0.0216	0.0197	0.0723	0.0019	0.0563	-38.7237	42.0862	26.0531
5	1.2593	-0.288	0.1905	1.952	-0.0676	1.1484	0.0452	0.0049	-0.1307	-0.242	-0.0234	0.3557	0.0952	-0.0684	-0.0219	0.1118	-0.0205	-0.0327	0.0552	-0.003	0.0561	-55.6011	9.5843	15.0519
6	0.3851	0.0613	0.1253	0.2942	0.0599	0.294	0.0035	-0.0197	-0.0405	-0.0304	-0.0045	-0.0265	0.0407	-0.0177	0.001	0.1031	-0.0027	-0.0018	0.0648	0.0141	0.0595	-43.6447	18.4856	25.6486
7	1.7426	0.6777	0.3455	0.9777	0.5461	0.3645	0.0206	0.1816	-0.3015	-0.0791	0.0983	-0.1739	0.0564	0.1003	-0.1189	0.139	0.0299	0.0112	0.0351	-0.0087	0.1316	-24.153	-5.2586	23.1118
8	1.495	-1.21	0.1019	1.8839	0.0071	0.4586	-0.0251	-0.0132	-0.084	0.0456	0.0935	-0.1219	0.0931	0.0352	-0.0684	0.082	-0.0151	-0.0139	0.0663	0.0074	0.0832	-23.898	16.9305	30.7837
9	0.5277	-0.2171	-0.7849	0.8875	0.015	1.6996	-0.0883	0.0027	-0.0405	0.2803	0.0218	0.1942	0.2185	-0.1143	0.0665	0.2186	-0.0398	0.0525	0.0972	0.007	0.0754	-54.0411	18.5587	64.7875
10	0.2626	0.0432	0.0138	0.478	0.0398	0.1848	-0.0389	-0.0813	0.0118	0.1896	0.0147	0.0262	0.0946	-0.0063	0.0242	0.2058	0.0187	-0.0004	0.1494	0.015	0.0459	-41.0866	26.8112	61.6239
11	0.4743	0.6774	-0.8859	3.4833	-1.4053	1.6625	0.0674	0.078	0.0221	0.4945	0.0712	0.3743	-0.1676	-0.1545	-0.1386	0.1366	0.0264	0.0598	0.1429	0.0299	0.1327	-63.1539	49.5899	62.3528
12	1.073	-0.752	0.2869	1.4131	-0.1384	0.7445	-0.0153	-0.13	0.0026	0.0903	0.0145	0.1286	-0.1009	-0.094	0.0008	0.0947	-0.0126	0.0078	0.1032	0.002	0.0571	-42.7138	44.0675	52.1067
13	4.2339	-1.1665	0.5369	1.1823	0.4448	1.6091	-0.146	-0.173	0.4234	0.1435	0.2569	-0.3337	-0.2213	0.2995	-0.1109	0.1123	-0.0055	-0.0665	0.2113	-0.1372	0.1907	-9.6225	56.4406	67.4512
14	0.3196	-0.0387	0.025	0.4378	0.3872	0.6704	-0.0376	-0.1562	0.0324	0.0826	0.1231	-0.1069	0.0141	0.1095	-0.0855	0.1088	0.0254	-0.0304	0.1772	-0.0501	0.0842	-19.0509	44.2967	57.0826
15	2.1814	0.4329	0.4292	4.2596	0.6555	1.1932	-0.0313	-0.6982	0.0178	0.4626	0.1466	-0.07	0.2537	0.1558	-0.1153	0.1914	0.1433	-0.0835	0.3615	-0.0355	0.0261	-0.8135	21.8185	68.04
16	1.3702	-0.683	0.0354	1.284	0.0059	0.8372	-0.0525	-0.2283	-0.0634	0.2161	0.0911	-0.1288	0.1851	0.155	-0.0385	0.149	0.0222	-0.0269	0.1278	-0.0014	0.0701	-20.7966	23.6108	56.2609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	395 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	59 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	265 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	395 - 481
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	114 - 264
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	265 - 394
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	395 - 481
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	59 - 264
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	265 - 394
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	395 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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