ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MOLREP | | 位相決定 | REFMAC | 5.5.0072精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3JYY 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.512 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.22052 | 2130 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1687 | - | - | - |
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all | 0.17132 | 40327 | - | - |
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obs | 0.17132 | 40327 | 97.59 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.06 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.22 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -1.42 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.64 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4346 | 0 | 121 | 716 | 5183 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.008 | 0.022 | 4622 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.099 | 1.999 | 6274 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.375 | 5 | 556 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg31.447 | 25.268 | 224 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.562 | 15 | 857 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg15.309 | 15 | 19 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.078 | 0.2 | 715 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 3395 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.377 | 1.5 | 2688 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it0.753 | 2 | 4346 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it1.375 | 3 | 1934 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.228 | 4.5 | 1916 | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1789 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION タイプ | Rms dev position (Å) | Weight position |
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medium positional0.34 | 0.5 | medium thermal0.72 | 2 | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.308 | 154 | - |
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Rwork | 0.213 | 2852 | - |
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obs | - | - | 94.71 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.254 | 0.1211 | -0.044 | 0.3745 | -0.0547 | 0.0156 | 0.0032 | -0.0007 | 0.0002 | -0.0094 | -0.0079 | -0.0321 | 0.0052 | -0.0041 | 0.0047 | 0.0144 | 0.0034 | 0.0011 | 0.0133 | -0.0013 | 0.0036 | 7.0874 | 14.3826 | 21.6996 | 2 | 0.2624 | -0.0954 | 0.1562 | 0.4118 | -0.0092 | 0.1395 | 0.0514 | 0.0118 | -0.0288 | -0.0434 | -0.0302 | -0.0424 | 0.0244 | 0.0168 | -0.0212 | 0.0124 | 0.0048 | -0.0015 | 0.0103 | 0.0048 | 0.0114 | 0.2508 | -3.9357 | 16.1201 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A2 - 267 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A300 - 900 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A268 - 2353 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B2 - 267 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B301 - 900 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B268 - 2322 | | | | | | |
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