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万見
- PDB-3jyz: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: Pa110594) ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jyz
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: Pa110594) typeIV pilin in space group P41212
要素Type IV pilin structural subunit
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PilA / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein, Type 4 Pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nguyen, Y. / Jackson, S.G. / Aidoo, F. / Junop, M.S. / Burrows, L.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of Novel Pseudomonas aeruginosa type IV pilins.
著者: Nguyen, Y. / Jackson, S.G. / Aidoo, F. / Junop, M. / Burrows, L.L.
履歴
登録2009年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilin structural subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5362
ポリマ－15,4401
非ポリマー961
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.059, 63.059, 67.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-201-

SO4

31A-272-

HOH

41A-317-

HOH

51A-357-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Type IV pilin structural subunit


分子量: 15439.632 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA110594 / 遺伝子: pilA / プラスミド: D-TOPO-pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KQ36
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 / 詳細: beam focused by a toroidal mirror
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 20404 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 33.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→29.8424 Å / SU ML: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 1978 9.82 %Random
Rwork0.177 ---
all0.1801 20149 --
obs0.1801 20149 98.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.96 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.8424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 5 256 1354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3911527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.893380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58940.18951410.14221254X-RAY DIFFRACTION98
1.5894-1.63230.2051290.13471279X-RAY DIFFRACTION99
1.6323-1.68040.20421380.13741279X-RAY DIFFRACTION99
1.6804-1.73460.22391410.14641281X-RAY DIFFRACTION99
1.7346-1.79660.19141440.14671266X-RAY DIFFRACTION99
1.7966-1.86850.23781450.16871244X-RAY DIFFRACTION97
1.8685-1.95350.25661300.18371284X-RAY DIFFRACTION99
1.9535-2.05650.21821350.16441271X-RAY DIFFRACTION97
2.0565-2.18530.20681400.16331276X-RAY DIFFRACTION98
2.1853-2.3540.21241420.17291306X-RAY DIFFRACTION99
2.354-2.59070.2171390.17981312X-RAY DIFFRACTION100
2.5907-2.96530.19271530.17951329X-RAY DIFFRACTION100
2.9653-3.73490.17011430.17971360X-RAY DIFFRACTION100
3.7349-29.84240.1951580.17431430X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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