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万見
- PDB-3jyb: Crystal Structure of the RetS periplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jyb
タイトルCrystal Structure of the RetS periplasmic domain
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / BETA BARREL / carbohydrate binding domain / signaling kinase / two component system / RetS / Kinase / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular hyperosmotic response / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2380 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...Immunoglobulin-like - #2380 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine kinase / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Jing, X. / Schubot, F.D. / Robinson, H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and oligomeric state of the RetS signaling kinase sensory domain.
著者: Jing, X. / Jaw, J. / Robinson, H.H. / Schubot, F.D.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0542
ポリマ－34,0542
非ポリマー00
水1,874104
1
A: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0271
ポリマ－17,0271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0271
ポリマ－17,0271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.164, 67.193, 86.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 17026.943 Da / 分子数: 2 / 断片: periplasmic domain (UNP 41-185) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14
遺伝子: PA14_64230, PA4856, retS, rets (AMINO ACIDS 41 - 185)
プラスミド: HisMBPpDEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codonplus RIL
参照: UniProt: Q9HUV7, UniProt: A0A0H2ZI10*PLUS, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: 22.5% PEG 3350, 0.1M citric acid, 10% glycerol, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSED Si(111)
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→30 Å / Num. all: 19459 / Num. obs: 19459 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 18.747 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 26.32
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.563 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23491 975 5.2 %RANDOM
Rwork0.19937 ---
obs0.20119 17870 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.224 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2298 0 0 104 2402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.9563224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18122.951122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14315392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4251524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5131.51439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74322260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07631091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8354.5964
LS精密化 シェル解像度: 2.044→2.097 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 57 -
Rwork0.207 1208 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74090.3338-0.42470.8253-0.47091.6439-0.0279-0.03010.02050.0473-0.0215-0.0166-0.0011-0.0020.0494-0.03960.0058-0.0022-0.03370.0047-0.02336.911548.398361.5405
21.28750.81670.67781.66120.56370.98930.0644-0.0253-0.14960.01620.0085-0.08750.0943-0.0035-0.0728-0.03410.0023-0.0068-0.0346-0.002-0.0307-6.912131.81941.8151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A48 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2B48 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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