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万見
- PDB-3jxv: Crystal Structure of the 3 FKBP domains of wheat FKBP73 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jxv
タイトルCrystal Structure of the 3 FKBP domains of wheat FKBP73
要素70 kDa peptidyl-prolyl isomerase
キーワードISOMERASE / FKBP- binding domain five-stranded anti-parallel beta-sheet and an alpha-helix crossing this sheet / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Calmodulin-binding / Rotamase / Stress response / TPR repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
70 kDa peptidyl-prolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Dym, O. / Breiman, A. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the three FK506 binding protein domains of wheat FKBP73: evidence for a unique wFK73_2 domain.
著者: Unger, T. / Dym, O. / Albeck, S. / Jacobovitch, Y. / Bernehim, R. / Marom, D. / Pisanty, O. / Breiman, A.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 70 kDa peptidyl-prolyl isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1271
ポリマ－39,1271
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.168, 31.322, 96.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 70 kDa peptidyl-prolyl isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase


分子量: 39127.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 遺伝子: FKBP70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43207, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M KNO3 0.1 Bis TrixPropane pH=8.5 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.8 Å / Num. obs: 25033 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 54.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→30.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28731 1271 5.1 %RANDOM
Rwork0.24846 ---
obs0.25053 23753 98.21 %-
all-23920 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.908 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-1.27 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→30.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 0 0 38 1863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3521.9942503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2815235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26726.21674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.09215350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.544155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2380.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5441.51174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67721899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.463682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7234.5604
LS精密化 シェル解像度: 2.075→2.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 67 -
Rwork0.237 1347 -
obs--77.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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