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- PDB-3jvt: Calcium-bound Scallop Myosin Regulatory Domain (Lever Arm) with R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jvt
タイトルCalcium-bound Scallop Myosin Regulatory Domain (Lever Arm) with Reconstituted Complete Light Chains
要素
  • Myosin essential light chain, striated adductor muscle
  • Myosin heavy chain, striated adductor muscle
  • Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Regulated myosins / smooth and molluscan muscle / X-ray crystallographic structure / scallop regulatory domain/lever arm / on-state / calcium-binding protein / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Motor protein / Muscle protein / Myosin / Nucleotide-binding / Thick filament / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like ...Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Few Secondary Structures / Irregular / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Mui, S. / O'Neall-Hennessey, E. / Szent-Gyorgyi, A. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The on-off switch in regulated myosins: different triggers but related mechanisms.
著者: Himmel, D.M. / Mui, S. / O'Neall-Hennessey, E. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2 A Resolution: Implications for Regulation.
著者: Houdusse, A. / Cohen, C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2.8 A Resolution.
著者: Xie, X. / Harrison, D.H. / Schlichting, I. / Sweet, R.M. / Kalabokis, V.N. / Szent-Gyorgyi, A. / Cohen, C.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain, striated adductor muscle
B: Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
C: Myosin essential light chain, striated adductor muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3905
ポリマ－43,3253
非ポリマー642
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.710, 52.230, 55.250
Angle α, β, γ (deg.)65.300, 66.400, 70.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Myosin heavy chain, striated adductor muscle


分子量: 8128.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bay Scallop / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / R-LC


分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bay Scallop / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 Myosin essential light chain, striated adductor muscle / E-LC / Sulfhydryl light chain / SHLC


分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bay Scallop / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P07291

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非ポリマー , 3種, 249分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 150 mM HEPES pH 7.0, 50 mM Ammonium Sulfate, 0.5 mM Calcium Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 5 mM Sodium Azide, 16.5% (wt/vol) PEG 4000 combined with equal volume of 16.9 mg/ml protein in 5 ...詳細: 150 mM HEPES pH 7.0, 50 mM Ammonium Sulfate, 0.5 mM Calcium Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 5 mM Sodium Azide, 16.5% (wt/vol) PEG 4000 combined with equal volume of 16.9 mg/ml protein in 5 mM HEPES pH 7, 20 mM NaCl, 2 mM Magnesium Chloride, 0.2 mM Calcium Chloride, 0.1 mM EGTA, 3.0 mM Sodium Azide, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 26353 / Num. obs: 25062 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WDC

1wdc


解像度: 2.1→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.856 / Data cutoff high absF: 160980 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 2284 10 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
all0.2091 24632 --
obs0.2091 22939 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.703 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.93 Å2 / Biso mean: 33.04 Å2 / Biso min: 8.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.74 Å22.65 Å2-2.7 Å2
2---1.43 Å2-2.15 Å2
3----1.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3017 0 2 247 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 318 9.3 %
Rwork0.222 3104 -
all-3422 -
obs--81.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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