PDB-3jvo: Crystal structure of bacteriophage HK97 gp6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jvo

タイトル

Crystal structure of bacteriophage HK97 gp6

要素

Gp6

キーワード

VIRAL PROTEIN / 13-membered ring

機能・相同性

Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage protein of unkonwn function / Hypothetical protein yqbg / : / Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage gp6-like head-tail connector protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Head completion protein gp6

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage HK97 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lam, R. / Tuite, A. / Battaile, K.P. / Edwards, A.M. / Maxwell, K.L. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of bacteriophage HK97 gp6: defining a large family of head-tail connector proteins.
著者: Cardarelli, L. / Lam, R. / Tuite, A. / Baker, L.A. / Sadowski, P.D. / Radford, D.R. / Rubinstein, J.L. / Battaile, K.P. / Chirgadze, N. / Maxwell, K.L. / Davidson, A.R.

履歴

登録	2009年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jvo.cif.gz	263.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jvo.ent.gz	217.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jvo_validation.pdf.gz	534.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jvo_full_validation.pdf.gz	548.5 KB	表示
XML形式データ	3jvo_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	3jvo_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4l0w-1 3aix-1 3aiz-2 3aiz-1 4q70-1 3v58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gp6

B: Gp6

C: Gp6

D: Gp6

E: Gp6

F: Gp6

G: Gp6

H: Gp6

I: Gp6

J: Gp6

K: Gp6

L: Gp6

M: Gp6

ヘテロ分子

165 kDa, 13 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.751, 200.211, 51.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Gp6 分子量: 12654.479 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ) 遺伝子: gp6 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KM1603 / 参照: UniProt: Q9MBY2
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20% MPD, 0.1M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月4日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 115130 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.579 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	5.2	0.292	10193	0.88	1	87.4
2.18-2.26	5.5	0.256	10690	0.97	1	91.6
2.26-2.37	5.6	0.215	11221	0.93	1	96
2.37-2.49	5.9	0.169	11534	1.01	1	98.5
2.49-2.65	6	0.139	11730	1.114	1	100
2.65-2.85	6	0.111	11774	1.301	1	100
2.85-3.14	6	0.084	11774	1.63	1	100
3.14-3.59	6	0.06	11867	1.874	1	100
3.59-4.52	5.9	0.051	11974	2.124	1	100
4.52-50	5.6	0.055	12373	3.606	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	2.1	40.34	0	0	104767	10195
ANO_1	2.1	40.34	1.089	0	102065	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	9.17-40.34	0	1087	471
ISO_1	6.57-9.17	0	2086	514
ISO_1	5.39-6.57	0	2773	525
ISO_1	4.68-5.39	0	3271	515
ISO_1	4.19-4.68	0	3799	526
ISO_1	3.83-4.19	0	4197	532
ISO_1	3.55-3.83	0	4588	522
ISO_1	3.32-3.55	0	4949	523
ISO_1	3.13-3.32	0	5257	516
ISO_1	2.97-3.13	0	5586	533
ISO_1	2.83-2.97	0	5853	521
ISO_1	2.71-2.83	0	6171	514
ISO_1	2.61-2.71	0	6487	535
ISO_1	2.51-2.61	0	6686	528
ISO_1	2.43-2.51	0	6879	510
ISO_1	2.35-2.43	0	7058	505
ISO_1	2.28-2.35	0	7153	496
ISO_1	2.22-2.28	0	7116	484
ISO_1	2.16-2.22	0	6990	468
ISO_1	2.1-2.16	0	6781	457
ANO_1	9.17-40.34	3.65	1072	0
ANO_1	6.57-9.17	3.933	2077	0
ANO_1	5.39-6.57	3.493	2771	0
ANO_1	4.68-5.39	2.919	3267	0
ANO_1	4.19-4.68	2.413	3797	0
ANO_1	3.83-4.19	2.11	4194	0
ANO_1	3.55-3.83	1.806	4586	0
ANO_1	3.32-3.55	1.615	4947	0
ANO_1	3.13-3.32	1.26	5255	0
ANO_1	2.97-3.13	1.067	5584	0
ANO_1	2.83-2.97	0.854	5852	0
ANO_1	2.71-2.83	0.679	6170	0
ANO_1	2.61-2.71	0.579	6485	0
ANO_1	2.51-2.61	0.49	6684	0
ANO_1	2.43-2.51	0.418	6858	0
ANO_1	2.35-2.43	0.355	6917	0
ANO_1	2.28-2.35	0.341	6751	0
ANO_1	2.22-2.28	0.227	6561	0
ANO_1	2.16-2.22	0.302	6353	0
ANO_1	2.1-2.16	0.287	5884	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-101.986	-136.003	-12.318	SE	40.77	1.24
2	-141.557	-102.541	-14.84	SE	40.8	1.18
3	-109.126	-161.273	-32.362	SE	49.4	1.23
4	-112.422	-139.353	-31.988	SE	38.65	1.15
5	-145.025	-112.259	-33.445	SE	39.61	1.15
6	-93.614	-115.872	-12.193	SE	46.32	1.17
7	-125.311	-121.549	-32.666	SE	44.27	1.22
8	-119.119	-169.548	-37.54	SE	42.41	1.09
9	-155.241	-119.359	-38.341	SE	40.71	1.16
10	-120.099	-98.323	-13.271	SE	48.19	1.25
11	-99.551	-157.898	-13.897	SE	39.03	1.2
12	-124.032	-134.877	-36.938	SE	40.09	1.14
13	-93.762	-146.947	-9.364	SE	36.75	1.08
14	-128.989	-184.746	-38.375	SE	42.37	1.1
15	-140.261	-93.917	-14.898	SE	50.98	1.21
16	-150.246	-93.123	-11.523	SE	40.11	1.11
17	-117.357	-151.638	-36.603	SE	38.3	1.07
18	-132.3	-197.042	-34.948	SE	49.08	1.17
19	-132.296	-93.348	-9.903	SE	44.41	1.07
20	-137.774	-123.394	-37.78	SE	43.9	1.24
21	-91.132	-129.06	-8.497	SE	46.04	1.23
22	-163.813	-121.371	-34.666	SE	59.83	1.21
23	-86.589	-121.849	-13.009	SE	55.52	1.16
24	-146.122	-121.147	-33.679	SE	67.97	1.44
25	-115.972	-182.023	-33.503	SE	47.52	1.14
26	-118.123	-161.195	-32.675	SE	64.61	1.2
27	-172.612	-124.106	-39.591	SE	38.63	1.08
28	-80.643	-114.589	-8.842	SE	41.83	1.08
29	-87.172	-163.816	-10.206	SE	45.88	1.17
30	-124.098	-177.9	-33.657	SE	62.26	1.21
31	-130.496	-129.066	-33.046	SE	64.62	1.29
32	-186.079	-123.742	-35.987	SE	58.7	1.21
33	-92.021	-146.868	-5.723	SE	73.56	1.34
34	-93.276	-138.198	-13.084	SE	51.84	1.15
35	-123.189	-89.76	-13.631	SE	66.24	1.26
36	-90.902	-155.874	-14.294	SE	59.42	1.26
37	-120.215	-169.178	-41.242	SE	29.84	0.53
38	-127.893	-12.773	-16.354	SE	45.83	1.13
39	-78.509	-48.49	-40.319	SE	64.54	1.27
40	-34.061	-7.183	-45.094	SE	75.96	1.24
41	-51.909	-8.814	-43.441	SE	72.26	1.29
42	-9.636	-29.764	-46.229	SE	40.71	0.84
43	-170.327	-35.397	-10.352	SE	87.25	1.5
44	-115.749	-29.605	-15.308	SE	74.52	1.38
45	-175.159	-43.565	-18.667	SE	56.61	0.99
46	-109.884	-35.825	-6.43	SE	35.58	0.62
47	-140.136	-20.118	-9.077	SE	85.37	1.45
48	-157.973	-23.313	-9.613	SE	49.87	0.74
49	-67.185	-16.568	-42.176	SE	73.84	1.22
50	-59.349	-10.939	-34.785	SE	75.68	1.29
51	-123.209	-24.734	-7.99	SE	85.94	1.42
52	-18.675	-15.342	-45.935	SE	89.75	1.47
53	-111.311	-37.475	-6.826	SE	36.13	0.58
54	-156.408	-24.869	-9.646	SE	31.68	0.53
55	-7.39	-29.501	-46.716	SE	32.04	0.45
56	-113.407	-29.231	-11.861	SE	50.44	0.22
57	-47.201	-2.803	-15.274	SE	50.44	0.35
58	-83.895	-21.983	-32.712	SE	50.97	0.31
59	-7.122	-10.791	-38.878	SE	50.97	0.26
60	-82.675	-43.326	-11.692	SE	50.97	0.36
61	-168.458	-27.089	-21.082	SE	50.97	0.18

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 114960

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
11.4-100	79.9	0.557	830
8.06-11.4	70.7	0.884	1448
6.58-8.06	61.8	0.916	1860
5.7-6.58	62	0.923	2146
5.1-5.7	61.8	0.928	2449
4.66-5.1	57.2	0.937	2682
4.31-4.66	60.6	0.949	2906
4.03-4.31	61.9	0.948	3103
3.8-4.03	64.3	0.947	3313
3.61-3.8	64.5	0.941	3456
3.44-3.61	65.9	0.944	3618
3.29-3.44	67.5	0.937	3826
3.16-3.29	67.6	0.925	3935
3.05-3.16	69.7	0.916	4086
2.94-3.05	72.1	0.915	4278
2.85-2.94	73.9	0.91	4324
2.77-2.85	75	0.911	4570
2.69-2.77	75.7	0.903	4573
2.62-2.69	77.2	0.91	4820
2.55-2.62	78	0.909	4834
2.49-2.55	78.5	0.9	5059
2.43-2.49	79.6	0.913	5034
2.38-2.43	81.5	0.906	5157
2.33-2.38	80.9	0.904	5209
2.28-2.33	82.7	0.888	5195
2.24-2.28	85	0.875	5180
2.19-2.24	85.5	0.89	5140
2.16-2.19	84.8	0.875	5094
2.1-2.16	85.7	0.806	6835

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 8.368 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	5763	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	114961	96.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.79 Å² / B_iso mean: 36.039 Å² / B_iso min: 19.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10083	0	58	248	10389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	10434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.94	14155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.807	5	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.911	24.669	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.32	15	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.39	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	7329
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.929	1.5	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	10066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.272	3	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.665	4.5	4074

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.158	0.282	373	0.235	6863	8619	83.954
2.158-2.217	0.272	378	0.23	7082	8433	88.462
2.217-2.281	0.289	367	0.235	7232	8154	93.194
2.281-2.351	0.249	387	0.23	7259	7986	95.743
2.351-2.428	0.265	371	0.214	7191	7766	97.373
2.428-2.513	0.242	357	0.205	7036	7433	99.462
2.513-2.608	0.279	376	0.213	6837	7224	99.848
2.608-2.714	0.244	345	0.205	6677	7024	99.972
2.714-2.834	0.238	340	0.208	6344	6691	99.895
2.834-2.971	0.22	298	0.2	6073	6373	99.969
2.971-3.131	0.234	304	0.197	5817	6123	99.967
3.131-3.32	0.227	292	0.194	5481	5775	99.965
3.32-3.547	0.194	284	0.173	5183	5468	99.982
3.547-3.829	0.206	262	0.169	4852	5114	100
3.829-4.19	0.198	233	0.158	4497	4730	100
4.19-4.678	0.183	214	0.162	4112	4329	99.931
4.678-5.39	0.193	179	0.187	3603	3783	99.974
5.39-6.571	0.28	174	0.226	3126	3300	100
6.571-9.168	0.209	149	0.187	2454	2608	99.808
9.168-39.778	0.22	80	0.227	1479	1614	96.592

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9885	-1.9497	-0.2853	2.1131	0.2566	0.5085	0.0829	-0.1114	-0.4038	-0.0149	0.0336	0.2537	0.0706	-0.0428	-0.1166	-0.0457	-0.0051	-0.0247	-0.0536	0.0605	0.0392	11.607	18.839	4.987
2	1.556	-0.5539	-0.2605	1.8376	0.5321	0.4972	0.0598	-0.0968	-0.1725	0.0176	0.0012	-0.07	0.0366	-0.063	-0.0609	-0.0315	0.0023	-0.0001	0.0196	0.0464	-0.0702	3.808	35.887	5.073
3	1.3549	0.0325	0.1522	2.3494	0.6575	0.45	0.0113	-0.0965	0.0623	0.0186	-0.0151	-0.0007	-0.009	-0.0793	0.0038	-0.0268	0.0049	0.0233	0.0375	0.0073	-0.1135	4.864	54.68	5.929
4	2.1463	1.9798	0.3561	2.6747	0.4235	0.4871	0.0035	-0.0116	0.4162	0.0926	0.0141	0.3374	0.0311	-0.0472	-0.0177	-0.0654	0	0.0433	-0.0022	-0.0183	0.0037	14.578	70.894	7.354
5	3.3191	1.545	0.7375	1.4508	0.216	0.6949	0.0049	-0.0591	0.3224	0.0802	-0.0084	0.226	-0.0621	-0.0839	0.0036	-0.0335	0	0.0381	-0.0314	-0.0284	-0.0175	30.527	80.648	8.495
6	2.3405	0.2289	0.7857	1.2235	0.1261	0.7688	-0.0035	-0.0352	0.0299	0.1042	0.0158	0.0663	-0.0642	-0.0302	-0.0124	0.0214	-0.0097	-0.0002	-0.0369	-0.0183	-0.0861	49.322	81.881	9.653
7	2.9055	-1.1905	0.5424	1.2785	-0.4166	0.677	0.0056	-0.1413	0.245	0.0509	-0.0004	-0.0793	-0.0113	0.0093	-0.0052	-0.0035	-0.0167	-0.0081	-0.0319	-0.0475	-0.0574	66.533	74.32	10.742
8	1.2759	-0.8785	0.2694	1.4433	-0.302	0.6442	-0.0064	-0.0922	0.0991	0.0771	-0.0131	0.0464	-0.0272	0.084	0.0196	-0.0102	-0.0124	-0.0057	0.0158	-0.0166	-0.0875	78.102	59.681	10.984
9	1.0139	0.3117	0.1298	2.7083	-0.3687	0.3501	0.0514	-0.0831	-0.0092	0.0966	0.0279	-0.0185	-0.0227	0.0803	-0.0792	-0.0158	-0.0177	-0.0284	0.0179	-0.0177	-0.0907	81.427	41.399	10.553
10	1.6615	1.6953	-0.1585	3.3226	-0.4269	0.4092	0.0261	-0.0289	-0.2017	0.1527	0.0348	-0.2602	-0.0058	0.0743	-0.0609	-0.0253	-0.0074	-0.0627	-0.0338	-0.0035	-0.024	76.198	23.295	9.907
11	3.1837	2.3521	-0.2257	2.8679	0.3269	0.3727	0.1175	-0.0617	-0.3139	0.2215	-0.0203	-0.3507	0.0556	0.0839	-0.0972	0.0124	0.0044	-0.0874	-0.0584	0.0192	-0.0258	62.991	9.965	8.683
12	1.6342	0.5114	-0.3671	1.2682	-0.0709	0.6125	0.0064	0.0048	-0.0118	0.1192	0.0352	-0.0722	0.0509	0.0102	-0.0416	0.0446	0.0051	-0.0356	-0.0554	0.0292	-0.0653	45.002	4.375	7.39
13	3.0371	-0.9205	-0.2963	1.4062	0.084	0.8297	0.0591	-0.0568	-0.2914	0.002	-0.0151	0.2002	0.0549	-0.0757	-0.044	-0.0164	-0.0049	-0.0233	-0.0619	0.0503	-0.0029	26.496	7.412	5.902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 96
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 97
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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