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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jvc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Lipoprotein_17 domain from Q9PRA0_UREPA protein of Ureaplasma parvum. Northeast Structural Genomics Consortium Target UuR17a. | ||||||
![]() | Conserved hypothetical membrane lipoprotein | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein-17 / Q9PRA0 / PF04200 / DUF1976 / UuR17a / NESG. / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vorobiev, S. / Neely, H. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Lipoprotein_17 domain from Q9PRA0_UREPA protein of Ureaplasma parvum. 著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | monomer according to gel-filtration |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14782.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700970 / Serovar 3 / 遺伝子: UU045 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 20000, 0.1M RbCl, 0.1M HEPES, pH 7.5, microbatch under paraffin oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→50 Å / Num. all: 22432 / Num. obs: 22095 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 52.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.79 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 14.2 / Num. unique all: 2184 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.4848 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→38.42 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.69→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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