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- PDB-3jv6: Crystal structure of the dimerization domains p52 and RelB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jv6
タイトルCrystal structure of the dimerization domains p52 and RelB
要素
  • Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
  • Transcription factor RelB
キーワードTRANSCRIPTION / NF-kB protein / Heterodimer / RelB and p52 / Activator / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / ANK repeat / DNA-binding / Isopeptide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / SUMOylation of immune response proteins / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / T-helper 1 cell differentiation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling ...follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / SUMOylation of immune response proteins / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / T-helper 1 cell differentiation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / PKMTs methylate histone lysines / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / germinal center formation / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / lymph node development / spleen development / transcription repressor complex / extracellular matrix organization / response to cytokine / circadian regulation of gene expression / rhythmic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to lipopolysaccharide / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / centrosome / protein kinase binding / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelB / Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. ...Transcription factor RelB / Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor RelB / Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Vu, D. / Huang, D.B. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A structural basis for selective dimerization by NF-kappa B RelB.
著者: Vu, D. / Huang, D.B. / Vemu, A. / Ghosh, G.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor RelB
B: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
C: Transcription factor RelB
D: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
E: Transcription factor RelB
F: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,37515
ポリマ－71,5116
非ポリマー8659
水2,630146
1
A: Transcription factor RelB
B: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1255
ポリマ－23,8372
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
C: Transcription factor RelB
D: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1255
ポリマ－23,8372
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
3
E: Transcription factor RelB
F: Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1255
ポリマ－23,8372
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.335, 141.144, 168.986
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A,C,E, using restrain
22chain B,D,F, using restrain

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111AA248 - 344248 - 344
121CC248 - 344248 - 344
131EE248 - 344248 - 344
212BB225 - 264225 - 264
222BB269 - 327269 - 327
232DD225 - 264225 - 264
242DD269 - 327269 - 327
252FF225 - 264225 - 264
262FF269 - 327269 - 327

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor RelB


分子量: 11405.868 Da / 分子数: 3 / 断片: dimerization domain (UNP residues 278-378) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RelB / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q04863
#2: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit / DNA-binding factor KBF2 / Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit


分子量: 12430.976 Da / 分子数: 3 / 断片: dimerization domain (UNP residues 225-331) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: p52 / プラスミド: PET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WTK5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 33723 / Num. obs: 30666 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2436 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 64

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.51 / FOM work R set: 0.702 / Data cutoff high absF: 136706 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1338 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs-26839 70.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.256 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 140 Å2 / Biso mean: 74.11 Å2 / Biso min: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.02 Å20 Å20 Å2
2--67.79 Å20 Å2
3----34.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.1 Å1.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 45 146 5191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11CX-RAY DIFFRACTION0.07restrain100
11EX-RAY DIFFRACTION0.088restrain100
22FX-RAY DIFFRACTION0.057restrain100
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.496 85 5.2 %
Rwork0.445 1561 -
all-1646 -
obs--35 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2as.paramas.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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