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- PDB-3jv3: Structure of SH3E-DH unit of murine intersectin-1L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jv3
タイトルStructure of SH3E-DH unit of murine intersectin-1L
要素Intersectin-1
キーワードPROTEIN BINDING / SH3 domain / DH domain / guanine nucleotide exchange factor / autoinhibition / domain-swapped / Cell junction / Cell projection / Endocytosis / Membrane / Phosphoprotein / Synapse / Synaptosome
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic endocytic zone / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOG GTPase cycle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / kinase activator activity ...presynaptic endocytic zone / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOG GTPase cycle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / kinase activator activity / small GTPase-mediated signal transduction / exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / calyx of Held / guanyl-nucleotide exchange factor activity / recycling endosome / endocytosis / nuclear envelope / protein transport / cell-cell signaling / lamellipodium / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / SH3 Domains / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ahmad, K.F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: The minimal autoinhibited unit of the guanine nucleotide exchange factor intersectin.
著者: Ahmad, K.F. / Lim, W.A.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin-1
B: Intersectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4432
ポリマ－65,4432
非ポリマー00
水1,24369
1
A: Intersectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7221
ポリマ－32,7221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Intersectin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7221
ポリマ－32,7221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.044, 67.044, 341.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Intersectin-1 / EH and SH3 domains protein 1


分子量: 32721.740 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 5 and DH domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itsn1, Ese1, Itsn / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z0R4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1.7 M LiSO4, 0.1M Hepes pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月6日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.6 % / Av σ(I) over netI: 38.76 / 数: 274736 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.91 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 36102 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.175098.410.0241.1127.2
4.15.1799.810.0481.0837.5
3.584.110010.0541.0897.8
3.263.5899.910.051.0297.9
3.023.2610010.0790.9047.9
2.853.0210010.1310.8528
2.72.8510010.1890.8148
2.592.799.910.2940.7338
2.492.5999.910.3690.7217.5
2.42.4997.110.3860.7116.3
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 36283 / Num. obs: 36102 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 38.764
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.496.30.38634230.71197.1
2.49-2.597.50.36935560.72199.9
2.59-2.780.29435430.73399.9
2.7-2.8580.18935470.814100
2.85-3.0280.13135890.852100
3.02-3.267.90.07935850.904100
3.26-3.587.90.0536131.02999.9
3.58-4.17.80.05436541.089100
4.1-5.177.50.04837111.08399.8
5.17-507.20.02438811.11298.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.26 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1701 4.7 %Random
Rwork0.248 ---
obs0.25 34314 94.7 %-
all-36243 --
溶媒の処理Bsol: 62.256 Å2
原子変位パラメータBiso max: 176.27 Å2 / Biso mean: 74.523 Å2 / Biso min: 36.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.542 Å20 Å20 Å2
2--13.542 Å20 Å2
3----27.083 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4060 0 0 69 4129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009573
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.99803
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03943
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38685
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3858 131 -
Rwork0.3733 --
obs-2864 81.11 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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