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- PDB-1npx: STRUCTURE OF NADH PEROXIDASE FROM STREPTOCOCCUS FAECALIS 10C1 REF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npx
タイトルSTRUCTURE OF NADH PEROXIDASE FROM STREPTOCOCCUS FAECALIS 10C1 REFINED AT 2.16 ANGSTROMS RESOLUTION
要素NADH PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(H2O2(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH peroxidase / NADH peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Stehle, T. / Ahmed, S.A. / Claiborne, A. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Structure of NADH peroxidase from Streptococcus faecalis 10C1 refined at 2.16 A resolution.
著者: Stehle, T. / Ahmed, S.A. / Claiborne, A. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Cloning, Sequence and Overexpression of Nadh Peroxidase from Streptococcus Faecalis 10C1. Structural Relationship with the Flavoprotein Disulfide Reductases
著者: Ross, R.P. / Claiborne, A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: The Structure of Nadh Peroxidase from Streptococcus Faecalis at 3.3 Angstroms Resolution
著者: Stehle, T. / Ahmed, S.A. / Claiborne, A. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Non-Flavin Redox Center of the Streptococcal Nadh Peroxidase. II. Evidence for a Stabilized Cysteine-Sulfenic Acid
著者: Poole, L.B. / Claiborne, A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Non-Flavin Redox Center of the Streptococcal Nadh Peroxidase. I. Thiol Reactivity and Redox Behavior in the Presence of Urea
著者: Poole, L.B. / Claiborne, A.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Interactions of Pyridine Nucleotides with Redox Forms of the Flavin-Containing Nadh Peroxidase from Streptococcus Faecalis
著者: Poole, L.B. / Claiborne, A.
履歴
登録1991年8月2日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4372
ポリマ－49,6511
非ポリマー7861
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NADH PEROXIDASE
ヘテロ分子

A: NADH PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8744
ポリマ－99,3022
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8900 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.200, 134.500, 145.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: RESIDUE CYS 42 IS A SULFONIC ACID (CYS42-SO3H).
2: DISCRETE DISORDER IS OBSERVED FOR SOME SIDE-CHAINS ATOMS OF RESIDUES ASP 25, LYS 51, ASP 124, AND ARG 447.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADH PEROXIDASE


分子量: 49651.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: P37062, NADH peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.77 %
結晶化
*PLUS
温度: 20-24 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
30.5 mMEDTA1drop
42 mMdithiothreitol1drop
60.5 mMEDTA1reservoir
72 mMdithiothreitol1reservoir
82.05 Mammonium sulfate1reservoir
90.005 mMFAD1reservoir
2potasssium phosphate1drop
5potasssium phosphate1reservoir
103 mM1reservoirNaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 37857 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 77 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.16→7 Å / Rfactor Rwork: 0.177 / Rfactor obs: 0.177 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 53 369 3915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 36563 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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