PDB-3juk: The Crystal Structure of UDP-glucose pyrophosphorylase complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3juk

タイトル

The Crystal Structure of UDP-glucose pyrophosphorylase complexed with UDP-glucose

要素

UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU)

キーワード

TRANSFERASE / UDP-glucose pyrophosphorylase / Helicobacter pylori

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kim, H. / Kim, K.K.

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the reaction mechanism of UDP-glucose pyrophosphorylase
著者: Kim, H. / Choi, J. / Kim, T. / Lokanath, N.K. / Ha, S.C. / Suh, S.W. / Hwang, H.-Y. / Kim, K.K.

履歴

登録	2009年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3juk.cif.gz	238.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3juk.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3juk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3juk_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3juk_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3juk_validation.xml.gz	54 KB	表示
CIF形式データ	3juk_validation.cif.gz	74.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jujSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mhn-1 4kty-1 7al6-d 5mhn-2 5mhm-2 5mhm-1 5mhl-1 3tml-d 7al5-d 4kty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU)

B: UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU)

C: UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU)

D: UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU)

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.444, 74.393, 167.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UDP-glucose pyrophosphorylase (GalU) 分子量: 32086.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0646 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O25363, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 2% PEG 400, 1.5M ammonium sulfate, 10mM UDP-Glucose, 10 mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 54678 / Num. obs: 54022 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.106
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique all: 5102 / R_sym value: 0.368 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JUJ

3juj

解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	2319	4.2 %	RANDOM
R_work	0.23	43116	-	-
obs	-	45435	82 %	-

溶媒の処理

B_sol: 87.582 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 73 Å² / B_iso mean: 25.749 Å² / B_iso min: 4.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.137 Å²	0 Å²	-2.984 Å²
2-	-	2.651 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8394	0	156	736	9286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.557

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION	4	UPG1.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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