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万見
- PDB-3jui: Crystal Structure of the C-terminal Domain of Human Translation I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jui
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Domain of Human Translation Initiation Factor eIF2B epsilon Subunit
要素Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
キーワードTRANSLATION / HEAT repeat / guanine nucleotide exchange factor / translation initiation factor / Disease mutation / Initiation factor / Leukodystrophy / Phosphoprotein / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / myelination / translation initiation factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / hippocampus development / response to peptide hormone / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wei, J. / Xu, H. / Zhang, C. / Wang, M. / Gao, F. / Gong, W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the C-terminal Domain of Human Translation Initiation Factor eIF2B epsilon Subunit
著者: Wei, J. / Xu, H. / Zhang, C. / Wang, M. / Gao, F. / Gong, W.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4772
ポリマ－21,3841
非ポリマー921
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.537, 66.082, 136.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 21384.492 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain / 変異: E678G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): b834 / 参照: UniProt: Q13144
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 % / Mosaicity: 0.731 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7
詳細: PEG8000, Calcium acetate, Sodium Cocadylate, pH 7.7, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9796, 0.9794, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97941
30.961
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 24.08 / 数: 69282 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.32 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9770 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955097.210.062.2146.3
3.934.9599.510.0531.8856.9
3.443.9310010.0561.4787.1
3.123.4410010.0691.3737.2
2.93.1210010.0821.2857.3
2.732.910010.0941.167.3
2.592.7310010.111.0117.3
2.482.5910010.1271.0447.3
2.382.4810010.1550.9447.4
2.32.3810010.170.8756.8
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13260 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.202 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.077.40.31311960.868184.1
2.07-2.157.30.25312010.874183.1
2.15-2.257.10.19412080.948183.6
2.25-2.376.80.17612510.966186
2.37-2.526.70.13312690.949189.1
2.52-2.716.70.10213231.009190.7
2.71-2.996.70.0813451.134192.8
2.99-3.426.80.05914131.352196.3
3.42-4.317.80.04614831.517199.9
4.31-508.70.04815711.859199.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength110.97822.73-8.43
3 wavelength120.97795.48-7.56
3 wavelength130.88563.93-2.98
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se24.5970.8660.110.0990.718
2Se23.1030.1150.4550.0860.573
3Se34.5980.1230.1590.1740.643
4Se3.0650.3610.2720.0770.362
5Se47.1130.7520.4830.1490.775
Phasing dmFOM : 0.89 / FOM acentric: 0.9 / FOM centric: 0.83 / 反射: 4376 / Reflection acentric: 3663 / Reflection centric: 713
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-14.970.950.940.9615710750
5.4-8.60.920.940.86620469151
4.3-5.40.930.950.86740609131
3.8-4.30.920.930.86744628116
3.2-3.80.880.890.8113141133181
3-3.20.80.820.6580171784

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.281 / WRfactor Rwork: 0.217 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.885 / SU B: 4.527 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / SU Rfree: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.206
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 661 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 13149 90.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.35 Å2 / Biso mean: 24.42 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 6 94 1522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.952001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.875180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70424.93577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.742157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.5877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81221409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.193604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4484.5588
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 39 -
Rwork0.212 826 -
all-865 -
obs--83.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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