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万見
- PDB-3jug: Crystal structure of endo-beta-1,4-mannanase from the alkaliphili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jug
タイトルCrystal structure of endo-beta-1,4-mannanase from the alkaliphilic Bacillus sp. N16-5
要素Beta-mannanase
キーワードHYDROLASE / TIM-BARREL / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-mannosidase activity / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / glucan catabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mannanase, galactose-binding domain-like / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhao, Y. / Zhang, Y. / Xue, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Analysis of Alkaline beta-mannanase from Alkaliphilic Bacillus sp. N16-5 Implications for Adaptation to Alkaline Conditions
著者: Zhao, Y. / Zhang, Y. / Cao, Y. / Qi, J. / Xue, Y. / Gao, F. / Peng, H. / Gao, G.F. / Ma, Y.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2652
ポリマ－38,1691
非ポリマー961
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.033, 63.312, 83.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-mannanase


分子量: 38168.770 Da / 分子数: 1 / 断片: endo-beta-mannanase, UNP residues 32-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: N16-5 / 遺伝子: manA / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5YEX6, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5M Ammonium Sulphate, 0.1M sodium citrate, 1.2M Lithium Sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→63.29 Å / Num. obs: 38945 / % possible obs: 92.74 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.68 % / Biso Wilson estimate: 6.94 Å2 / Rsym value: 0.0764
反射 シェル解像度: 1.6→1.71 Å / 冗長度: 1.54 % / Num. unique all: 4841 / % possible all: 65.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WKY

1wky


解像度: 1.6→43.176 Å / FOM work R set: 0.86 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 1835 5.13 %random
Rwork0.1737 ---
all0.1758 35784 --
obs0.1758 35784 84.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.519 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.355 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.691 Å20 Å2
3----2.483 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 5 589 2894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.228800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5967-1.63980.3351520.3195917X-RAY DIFFRACTION30
1.6398-1.68810.3251860.28311767X-RAY DIFFRACTION58
1.6881-1.74260.31221360.24082309X-RAY DIFFRACTION76
1.7426-1.80490.25611230.19112536X-RAY DIFFRACTION83
1.8049-1.87710.2191480.15432692X-RAY DIFFRACTION89
1.8771-1.96260.17151540.13042796X-RAY DIFFRACTION92
1.9626-2.0660.16251640.13452850X-RAY DIFFRACTION94
2.066-2.19550.16451410.14322939X-RAY DIFFRACTION95
2.1955-2.3650.20991590.15532913X-RAY DIFFRACTION95
2.365-2.60290.21211600.15962995X-RAY DIFFRACTION97
2.6029-2.97950.21751690.17313030X-RAY DIFFRACTION97
2.9795-3.75350.1881720.16653043X-RAY DIFFRACTION97
3.7535-43.1920.22271710.1883162X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.1848 Å / Origin y: -1.5875 Å / Origin z: -11.9158 Å
111213212223313233
T0.0043 Å2-0.001 Å2-0.0003 Å2-0.0045 Å20.0035 Å2--0.005 Å2
L0.1076 °2-0.0077 °20.027 °2-0.1541 °2-0.0884 °2--0.2615 °2
S-0.0187 Å °0.0069 Å °0.0135 Å °0.0078 Å °0.0082 Å °0.0013 Å °-0.0037 Å °-0.0258 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA34 - 329
2X-RAY DIFFRACTION1allA1
3X-RAY DIFFRACTION1all1 - 589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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