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万見
- PDB-3jsy: N-terminal fragment of ribosomal protein L10 from Methanococcus j... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jsy
タイトルN-terminal fragment of ribosomal protein L10 from Methanococcus jannaschii
要素Acidic ribosomal protein P0 homolog
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / L10 / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P ...Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL10
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Solved with MAD, refined against native data set / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kravchenko, O. / Mitroshin, I. / Nikulin, A.D. / Piendl, W. / Garber, M. / Nikonov, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of a two-domain N-terminal fragment of ribosomal protein L10 from Methanococcus jannaschii reveals a specific piece of the archaeal ribosomal stalk
著者: Kravchenko, O. / Mitroshin, I. / Nikonov, S. / Piendl, W. / Garber, M.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic ribosomal protein P0 homolog
B: Acidic ribosomal protein P0 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7082
ポリマ－46,7082
非ポリマー00
水7,062392
1
A: Acidic ribosomal protein P0 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3541
ポリマ－23,3541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acidic ribosomal protein P0 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3541
ポリマ－23,3541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.000, 70.080, 97.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acidic ribosomal protein P0 homolog / L10E / ribosomal protein L10


分子量: 23353.793 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, residues in UNP 10-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rplP0, MJ0509 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PUBS520 / 参照: UniProt: P54049
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: KSCN, PEG4000, NaAcetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90778 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日 / 詳細: Multilayer mirror
放射モノクロメーター: Bent diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 50801 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.61
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique all: 7327 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: Solved with MAD, refined against native data set
解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU B: 4.732 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with Phenix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23321 2648 5.1 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
all0.229 52013 --
obs0.18412 49365 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75 Å2 / Biso mean: 29.389 Å2 / Biso min: 6.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2--1.83 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 0 392 3599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0223301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9292.034467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5765430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.98325.596109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86815675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5331517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0651.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.70923456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.00231184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6594.51005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.51933301
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.5633393
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.38433248
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 213 -
Rwork0.225 3560 -
all-3773 -
obs-3560 99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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