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- PDB-3jcs: 2.8 Angstrom cryo-EM structure of the large ribosomal subunit fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcs
タイトル2.8 Angstrom cryo-EM structure of the large ribosomal subunit from the eukaryotic parasite Leishmania
要素
  • (26S delta ribosomal ...) x 2
  • (ribosomal protein ...) x 40
  • 26S alpha ribosomal RNA
  • 26S epsilon ribosomal RNA
  • 26S gamma ribosomal RNA
  • 26S zeta ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Leishmania donovani / the large ribosomal subunit / eukaryotic parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily ...Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L32 / Ribosomal_L32e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L19, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L28, putative ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L19, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L36, Putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 40S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / Ribosomal protein L1a, putative / Ribosomal protein L15 / Ribosomal L27e family protein / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L34, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shalev-Benami, M. / Zhang, Y. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Zackay, A. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Jaffe, C.L. / Yonath, A. / Skiniotis, G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: 2.8-Å Cryo-EM Structure of the Large Ribosomal Subunit from the Eukaryotic Parasite Leishmania.
著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Donna Matzov / Yehuda Halfon / Arie Zackay / Haim Rozenberg / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis /
要旨: Leishmania is a single-cell eukaryotic parasite of the Trypanosomatidae family, whose members cause an array of tropical diseases. The often fatal outcome of infections, lack of effective vaccines, ...Leishmania is a single-cell eukaryotic parasite of the Trypanosomatidae family, whose members cause an array of tropical diseases. The often fatal outcome of infections, lack of effective vaccines, limited selection of therapeutic drugs, and emerging resistant strains, underline the need to develop strategies to combat these pathogens. The Trypanosomatid ribosome has recently been highlighted as a promising therapeutic target due to structural features that are distinct from other eukaryotes. Here, we present the 2.8-Å resolution structure of the Leishmania donovani large ribosomal subunit (LSU) derived from a cryo-EM map, further enabling the structural observation of eukaryotic rRNA modifications that play a significant role in ribosome assembly and function. The structure illustrates the unique fragmented nature of leishmanial LSU rRNA and highlights the irregular distribution of rRNA modifications in Leishmania, a characteristic with implications for anti-parasitic drug development.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42025年6月11日Group: Data collection / カテゴリ: em_software

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6583
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 26S alpha ribosomal RNA
2: 26S delta ribosomal RNA
3: 26S gamma ribosomal RNA
4: 26S delta ribosomal RNA
5: 26S epsilon ribosomal RNA
6: 26S zeta ribosomal RNA
7: 5.8S ribosomal RNA
8: 5S ribosomal RNA
A: ribosomal protein L2
B: ribosomal protein L3
C: ribosomal protein L4
D: ribosomal protein L5
E: ribosomal protein L6
F: ribosomal protein L6e
G: ribosomal protein L8e
H: ribosomal protein L13
I: ribosomal protein L13e
J: ribosomal protein L14
K: ribosomal protein L14e
L: ribosomal protein L15
M: ribosomal protein L15e
N: ribosomal protein L16
O: ribosomal protein L18
P: ribosomal protein L18e
Q: ribosomal protein L19e
R: ribosomal protein L20e
S: ribosomal protein L21e
T: ribosomal protein L22
U: ribosomal protein L22e
V: ribosomal protein L23
W: ribosomal protein L24
X: ribosomal protein L24e
Y: ribosomal protein L27e
Z: ribosomal protein L28e
a: ribosomal protein L29
b: ribosomal protein L29e
c: ribosomal protein L30
d: ribosomal protein L30e
e: ribosomal protein L31e
f: ribosomal protein L32e
g: ribosomal protein L33e
h: ribosomal protein L34e
i: ribosomal protein L36e
j: ribosomal protein L37e
k: ribosomal protein L38e
l: ribosomal protein L39e
m: ribosomal protein L43e
n: ribosomal protein L44e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,170,515157
ポリマ－2,167,86648
非ポリマー2,649109
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 135678

#1: RNA鎖 26S alpha ribosomal RNA


分子量: 576874.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#3: RNA鎖 26S gamma ribosomal RNA


分子量: 68191.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#5: RNA鎖 26S epsilon ribosomal RNA


分子量: 42869.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#6: RNA鎖 26S zeta ribosomal RNA


分子量: 24254.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#7: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 54961.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38840.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

-
26S delta ribosomal ... , 2種, 2分子 24

#2: RNA鎖 26S delta ribosomal RNA


分子量: 492600.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#4: RNA鎖 26S delta ribosomal RNA


分子量: 59130.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

+
Ribosomal protein ... , 40種, 40分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#9: タンパク質 ribosomal protein L2


分子量: 28331.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#10: タンパク質 ribosomal protein L3


分子量: 47672.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#11: タンパク質 ribosomal protein L4


分子量: 41228.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BKR3
#12: タンパク質 ribosomal protein L5


分子量: 21710.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFL1
#13: タンパク質 ribosomal protein L6


分子量: 21567.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFB5
#14: タンパク質 ribosomal protein L6e


分子量: 21208.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#15: タンパク質 ribosomal protein L8e


分子量: 39175.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B949
#16: タンパク質 ribosomal protein L13


分子量: 25477.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#17: タンパク質 ribosomal protein L13e


分子量: 24802.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#18: タンパク質 ribosomal protein L14


分子量: 14982.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSQ4
#19: タンパク質 ribosomal protein L14e


分子量: 26054.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BG02
#20: タンパク質 ribosomal protein L15


分子量: 16165.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSQ2
#21: タンパク質 ribosomal protein L15e


分子量: 24497.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BMB4
#22: タンパク質 ribosomal protein L16


分子量: 24607.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B840
#23: タンパク質 ribosomal protein L18


分子量: 34100.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BS61
#24: タンパク質 ribosomal protein L18e


分子量: 22071.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BUI1
#25: タンパク質 ribosomal protein L19e


分子量: 28142.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B8Q2
#26: タンパク質 ribosomal protein L20e


分子量: 20834.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRT7
#27: タンパク質 ribosomal protein L21e


分子量: 18059.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRE2
#28: タンパク質 ribosomal protein L22


分子量: 19154.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BGL6
#29: タンパク質 ribosomal protein L22e


分子量: 15030.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BU52
#30: タンパク質 ribosomal protein L23


分子量: 16389.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B8R9
#31: タンパク質 ribosomal protein L24


分子量: 16217.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#32: タンパク質 ribosomal protein L24e


分子量: 14622.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#33: タンパク質 ribosomal protein L27e


分子量: 15455.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BP34
#34: タンパク質 ribosomal protein L28e


分子量: 16409.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BAU9
#35: タンパク質 ribosomal protein L29


分子量: 15232.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BIP6
#36: タンパク質 ribosomal protein L29e


分子量: 8033.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BU64
#37: タンパク質 ribosomal protein L30


分子量: 28929.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BI29
#38: タンパク質 ribosomal protein L30e


分子量: 11400.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRQ6
#39: タンパク質 ribosomal protein L31e


分子量: 20886.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSK4
#40: タンパク質 ribosomal protein L32e


分子量: 15403.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFJ5
#41: タンパク質 ribosomal protein L33e


分子量: 16492.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BR22
#42: タンパク質 ribosomal protein L34e


分子量: 19307.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BUA1
#43: タンパク質 ribosomal protein L36e


分子量: 12005.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BF65
#44: タンパク質 ribosomal protein L37e


分子量: 9862.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BQD7, UniProt: P62885*PLUS
#45: タンパク質 ribosomal protein L38e


分子量: 9479.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B7P2
#46: タンパク質 ribosomal protein L39e


分子量: 6504.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BCX6
#47: タンパク質 ribosomal protein L43e


分子量: 10337.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFK4
#48: タンパク質 ribosomal protein L44e


分子量: 12302.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BBL5

-
非ポリマー , 2種, 253分子

#49: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#50: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1The large ribosomal subunit from the eukaryotic parasite Leishmania donovaniRIBOSOME0
226S alpha ribosomal RNA1
326S beta ribosomal RNA1
426S gamma ribosomal RNA1
526S delta ribosomal RNA1
626S epsilon ribosomal RNA1
726S zeta ribosomal RNA1
緩衝液名称: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 10 mM NH4OAc, 1 mM DTT
pH: 7.6
詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 10 mM NH4OAc, 1 mM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 seconds on glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2) coated with continuous thin carbon film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年7月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 25000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION３次元再構成
2RELION３次元再構成
3PHENIXモデル精密化
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Maximum likelihood / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107134 / ピクセルサイズ（公称値）: 1 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子変位パラメータBiso max: 167 Å2 / Biso mean: 39.2037 Å2 / Biso min: 2.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43729 73116 109 144 117098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007125346
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.864185831
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0523645
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00611141
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.16467546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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