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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jce | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Escherichia coli EF4 in pretranslocational ribosomes (Pre EF4) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ribosome elongation / GTPase EF4 / tRNA back-translocation / P-loop | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / response to salt stress / regulation of mRNA stability / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / positive regulation of translation / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, D. / Yan, K. / Liu, G. / Song, G. / Luo, J. / Shi, Y. / Cheng, E. / Wu, S. / Jiang, T. / Low, J. ...Zhang, D. / Yan, K. / Liu, G. / Song, G. / Luo, J. / Shi, Y. / Cheng, E. / Wu, S. / Jiang, T. / Low, J. / Gao, N. / Qin, Y. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: EF4 disengages the peptidyl-tRNA CCA end and facilitates back-translocation on the 70S ribosome. 著者: Dejiu Zhang / Kaige Yan / Guangqiao Liu / Guangtao Song / Jiejian Luo / Yi Shi / Erchao Cheng / Shan Wu / Taijiao Jiang / Jizhong Lou / Ning Gao / Yan Qin / 要旨: EF4 catalyzes tRNA back-translocation through an unknown mechanism. We report cryo-EM structures of Escherichia coli EF4 in post- and pretranslocational ribosomes (Post- and Pre-EF4) at 3.7- and 3.2- ...EF4 catalyzes tRNA back-translocation through an unknown mechanism. We report cryo-EM structures of Escherichia coli EF4 in post- and pretranslocational ribosomes (Post- and Pre-EF4) at 3.7- and 3.2-Å resolution, respectively. In Post-EF4, peptidyl-tRNA occupies the peptidyl (P) site, but the interaction between its CCA end and the P loop is disrupted. In Pre-EF4, the peptidyl-tRNA assumes a unique position near the aminoacyl (A) site, denoted the A site/EF4 bound (A/4) site, with a large displacement at its acceptor arm. Mutagenesis analyses suggest that a specific region in the EF4 C-terminal domain (CTD) interferes with base-pairing between the peptidyl-tRNA 3'-CCA and the P loop, whereas the EF4 CTD enhances peptidyl-tRNA interaction at the A/4 site. Therefore, EF4 induces back-translocation by disengaging the tRNA's CCA end from the peptidyl transferase center of the translating ribosome. | ||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb3jce.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3jce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 3jce_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jce_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3jce_validation.xml.gz | 217.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jce_validation.cif.gz | 390.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jce | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 7分子 aAB6978
#1: RNA鎖 | 分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||
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#28: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||
#29: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||
#54: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #55: RNA鎖 | | 分子量: 4784.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #56: RNA鎖 | | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 cdefghijklmnopqrstub
#2: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#4: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#5: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#6: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#10: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: k12 / 遺伝子: rpsL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#13: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#15: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: k12 / 遺伝子: rpsR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#20: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: k12 / 遺伝子: rpsU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
#21: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 01234CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-タンパク質 , 2種, 2分子 5x
#27: タンパク質 | 分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0 |
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#57: タンパク質 | 分子量: 66652.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lepA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P60785, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#58: 化合物 | ChemComp-PHE / |
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#59: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#60: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月20日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 粒子像の数: 107706 詳細: (SINGLE PARTICLE DETAILS: THE PARTICLES WERE SELECTED USING AN AUTOMATIC SELECTION PROGRAM.) (SINGLE PARTICLE- -APPLIED SYMMETRY: C1) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4V9O Accession code: 4V9O / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.2 Å
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