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万見
- PDB-3jc2: The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jc2
タイトルThe structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence
要素
  • Prolactin
  • Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
  • Protein transport protein Sec61 subunit beta
  • Protein transport protein Sec61 subunit gamma
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Sec61 / translocation / signal sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / positive regulation of biosynthetic process / prolactin receptor binding / peptide hormone secretion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation / pronephric nephron development / response to L-arginine ...long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / positive regulation of biosynthetic process / prolactin receptor binding / peptide hormone secretion / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation / pronephric nephron development / response to L-arginine / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / signal sequence binding / mammary gland development / post-translational protein targeting to membrane, translocation / blastocyst formation / biosynthetic process / response to food / positive regulation of endocytosis / protein transmembrane transporter activity / response to mechanical stimulus / lactation / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to nutrient levels / female pregnancy / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / hormone activity / phospholipid binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / ribosome binding / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecE subunit / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p ...Preprotein translocase SecE subunit / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Four-helical cytokine-like, core / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolactin / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Prolactin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Voorhees, R.M. / Hegde, R.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structure of the Sec61 channel opened by a signal sequence.
著者: Rebecca M Voorhees / Ramanujan S Hegde /
要旨: Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the ...Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the lipid bilayer by the Sec61 protein-conducting channel. The molecular basis of how hydrophobic signals within a nascent polypeptide trigger channel opening is not understood. Here, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of an active Sec61 channel that has been opened by a signal sequence. The signal supplants helix 2 of Sec61α, which triggers a rotation that opens the central pore both axially across the membrane and laterally toward the lipid bilayer. Comparisons with structures of Sec61 in other states suggest a pathway for how hydrophobic signals engage the channel to gain access to the lipid bilayer.
履歴
登録2015年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3245
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3245
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3245
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
2: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
w: Prolactin
3: Protein transport protein Sec61 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0944
ポリマ－64,0944
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Sec61 alpha-1


分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from native canine microsomes / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P38377
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from native canine microsomes / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60058
#3: タンパク質・ペプチド Prolactin


分子量: 2053.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: prolactin / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Tissue fraction (発現宿主): reticulocyte translation extract in the presence of canine microsomes
参照: UniProt: Q6VMP1, UniProt: P01239*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド Protein transport protein Sec61 subunit beta / Sec61 beta


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from native canine microsomes / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Sec61 protein conducting channel opened by the pre-prolactin signal sequenceCOMPLEX0
2Sec61 alpha1
3Sec61 gamma1
4Sec61 beta1
5Pre-prolactin nascent chain1
緩衝液名称: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil (R2/2) holey carbon grid covered in a 70 Angstrom-thick layer of amorphous carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: 3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).
手法: 3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年3月6日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2REFMACモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4RELION３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 粒子像の数: 101339 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL / Target criteria: R-factor
詳細: DETAILS--Real-space fitting using Chimera and Coot followed by reciprocal-space refinement using REFMAC
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13J7Q

3j7q

13J7Q1PDBexperimental model
21RH5

1rh5

11RH52PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3911 0 0 0 3911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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