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- PDB-3jb5: Capsid Structure of the Propionibacterium acnes Bacteriophage ATC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jb5
タイトルCapsid Structure of the Propionibacterium acnes Bacteriophage ATCC_Clear
要素major capsid protein
キーワードVIRUS / acne / bacteriophage / HK97-like
機能・相同性Gp6
機能・相同性情報
生物種Propionibacterium phage PA6 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Chiou, J. / Zhang, X. / Marinelli, L.J. / Modlin, R.L. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Capsid Structure of the Propionibacterium acnes Bacteriophage ATCC_Clear
著者: Chiou, J. / Zhang, X. / Marinelli, L.J. / Modlin, R.L. / Zhou, Z.H.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6398
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6398
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
G: major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,3567
ポリマ－229,3567
非ポリマー00
水00
1
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
G: major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,761,334420
ポリマ－13,761,334420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
G: major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.15 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,146,77835
ポリマ－1,146,77835
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
G: major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.38 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,376,13342
ポリマ－1,376,13342
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
major capsid protein


分子量: 32765.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Propionibacterium phage PA6 (ファージ) / 参照: UniProt: A4K473

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear / タイプ: VIRUS
分子量値: 33 MDa / 実験値: YES
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: BACTERIA(EUBACTERIA) / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Propionibacterium acnes / 株: 6919
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Purified sample was applied to a Quantifoil grid.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 15 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot for 15 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年5月16日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 38462 X / 倍率（補正後）: 38462 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2270 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 3168
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: FREALIGN / カテゴリ: ３次元再構成
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27504 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.3 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.3 Å
詳細: (Single particle details: The particles were selected using an in-house selection procedure.) (Single particle--Applied symmetry: I)
対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15232 0 0 0 15232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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