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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ja8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the MCM2-7 double hexamer | ||||||
要素 | (Minichromosome Maintenance ...) x 6 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Cryo-EM / single particle / MCM2-7 / DNA replication | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication / CMG complex ...MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, N. / Zhai, Y. / Zhang, Y. / Li, W. / Yang, M. / Lei, J. / Tye, B.K. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Structure of the eukaryotic MCM complex at 3.8 Å. 著者: Ningning Li / Yuanliang Zhai / Yixiao Zhang / Wanqiu Li / Maojun Yang / Jianlin Lei / Bik-Kwoon Tye / Ning Gao / 要旨: DNA replication in eukaryotes is strictly regulated by several mechanisms. A central step in this replication is the assembly of the heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) helicase ...DNA replication in eukaryotes is strictly regulated by several mechanisms. A central step in this replication is the assembly of the heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) helicase complex at replication origins during G1 phase as an inactive double hexamer. Here, using cryo-electron microscopy, we report a near-atomic structure of the MCM2-7 double hexamer purified from yeast G1 chromatin. Our structure shows that two single hexamers, arranged in a tilted and twisted fashion through interdigitated amino-terminal domain interactions, form a kinked central channel. Four constricted rings consisting of conserved interior β-hairpins from the two single hexamers create a narrow passageway that tightly fits duplex DNA. This narrow passageway, reinforced by the offset of the two single hexamers at the double hexamer interface, is flanked by two pairs of gate-forming subunits, MCM2 and MCM5. These unusual features of the twisted and tilted single hexamers suggest a concerted mechanism for the melting of origin DNA that requires structural deformation of the intervening DNA. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ja8.cif.gz | 705.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ja8.ent.gz | 554.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ja8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ja8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ja8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ja8_validation.xml.gz | 120.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ja8_validation.cif.gz | 176.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3ja8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3ja8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Minichromosome Maintenance ... , 6種, 6分子 234567
#1: タンパク質 | 分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase |
#3: タンパク質 | 分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase |
#4: タンパク質 | 分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase |
#5: タンパク質 | 分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM6, YGL201C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase |
#6: タンパク質 | 分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 属: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase |
-非ポリマー , 1種, 6分子
#7: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Eukaryotic Minichromosome Maintenance Complex / タイプ: COMPLEX |
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分子量 | 値: 1.2 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月25日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85365 / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C2) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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