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- PDB-3ja8: Cryo-EM structure of the MCM2-7 double hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ja8
タイトルCryo-EM structure of the MCM2-7 double hexamer
要素(Minichromosome Maintenance ...) x 6
キーワードHYDROLASE / Cryo-EM / single particle / MCM2-7 / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / replication fork protection complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex ...MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / replication fork protection complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM3 winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM3 winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Li, N. / Zhai, Y. / Zhang, Y. / Li, W. / Yang, M. / Lei, J. / Tye, B.K. / Gao, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of the eukaryotic MCM complex at 3.8 Å.
著者: Ningning Li / Yuanliang Zhai / Yixiao Zhang / Wanqiu Li / Maojun Yang / Jianlin Lei / Bik-Kwoon Tye / Ning Gao /
要旨: DNA replication in eukaryotes is strictly regulated by several mechanisms. A central step in this replication is the assembly of the heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) helicase ...DNA replication in eukaryotes is strictly regulated by several mechanisms. A central step in this replication is the assembly of the heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) helicase complex at replication origins during G1 phase as an inactive double hexamer. Here, using cryo-electron microscopy, we report a near-atomic structure of the MCM2-7 double hexamer purified from yeast G1 chromatin. Our structure shows that two single hexamers, arranged in a tilted and twisted fashion through interdigitated amino-terminal domain interactions, form a kinked central channel. Four constricted rings consisting of conserved interior β-hairpins from the two single hexamers create a narrow passageway that tightly fits duplex DNA. This narrow passageway, reinforced by the offset of the two single hexamers at the double hexamer interface, is flanked by two pairs of gate-forming subunits, MCM2 and MCM5. These unusual features of the twisted and tilted single hexamers suggest a concerted mechanism for the melting of origin DNA that requires structural deformation of the intervening DNA.
履歴
登録2015年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / em_image_scans ...database_2 / em_image_scans / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6338
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  • マップデータ: EMDB-6338
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: Minichromosome Maintenance 2
3: Minichromosome Maintenance 3
4: Minichromosome Maintenance 4
5: Minichromosome Maintenance 5
6: Minichromosome Maintenance 6
7: Minichromosome Maintenance 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)608,93212
ポリマ－606,3696
非ポリマー2,5636
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Minichromosome Maintenance ... , 6種, 6分子 234567

#1: タンパク質 Minichromosome Maintenance 2 / DNA replication licensing factor MCM2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#2: タンパク質 Minichromosome Maintenance 3 / DNA replication licensing factor MCM3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 Minichromosome Maintenance 4 / DNA replication licensing factor MCM4


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#4: タンパク質 Minichromosome Maintenance 5 / Minichromosome maintenance protein 5


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase
#5: タンパク質 Minichromosome Maintenance 6 / DNA replication licensing factor MCM6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM6, YGL201C / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 Minichromosome Maintenance 7 / DNA replication licensing factor MCM7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

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非ポリマー , 1種, 6分子

#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Eukaryotic Minichromosome Maintenance Complex / タイプ: COMPLEX
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月25日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85365 / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C2) / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29676 0 162 0 29838

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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