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- PDB-3j9r: Atomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9r
タイトルAtomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its pre- and post-contraction states
要素sheath
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / pyocin / bacteriocin / sheath / tube
機能・相同性Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / identical protein binding / Similar to FI genes of P2, phiCTX, and PS17: tail sheath
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ge, P. / Scholl, D. / Leiman, P.G. / Yu, X. / Miller, J.F. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Atomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its pre- and postcontraction states.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Petr G Leiman / Xuekui Yu / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile ...R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile bacteriophage tails. We report atomic models of the Pseudomonas aeruginosa precontraction pyocin sheath and tube, and the postcontraction sheath, obtained by cryo-EM at 3.5-Å and 3.9-Å resolutions, respectively. The central channel of the tube is negatively charged, in contrast to the neutral and positive counterparts in T6SSs and phage tails. The sheath is interwoven by long N- and C-terminal extension arms emanating from each subunit, which create an extensive two-dimensional mesh that has the same connectivity in the extended and contracted state of the sheath. We propose that the contraction process draws energy from electrostatic and shape complementarities to insert the inner tube through bacterial cell membranes to eventually kill the bacteria.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6271
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-6271
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sheath
B: sheath
F: sheath
E: sheath
D: sheath
C: sheath
0: sheath
1: sheath
5: sheath
4: sheath
3: sheath
2: sheath
G: sheath
H: sheath
L: sheath
K: sheath
J: sheath
I: sheath
M: sheath
N: sheath
R: sheath
Q: sheath
P: sheath
O: sheath
a: sheath
b: sheath
f: sheath
e: sheath
d: sheath
c: sheath
g: sheath
h: sheath
l: sheath
k: sheath
j: sheath
i: sheath


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,484,90436
ポリマ－1,484,90436
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 6 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 5 / Rise per n subunits: 16.2 Å / Rotation per n subunits: 33.1 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
sheath / Similar to FI genes of P2 / phiCTX / and PS17: tail sheath


分子量: 41247.332 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO / 参照: UniProt: Q9S574

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyocin (post-contraction) sheath / タイプ: COMPLEX / 詳細: helical
緩衝液名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: baked 1.2/1.3 Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 4 seconds (blot force 1) before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot time 4 seconds, blot force 1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2009年10月7日 / 詳細: Scanned with 9200 ED
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 80 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 詳細: Scanned by Nikon 9200 ED
画像スキャンデジタル画像の数: 307
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1IHRSR３次元再構成
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
らせん対称回転角度/サブユニット: 33.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 16.2 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成手法: Relion / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ピクセルサイズ（公称値）: 1.104 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.104 Å / 詳細: Model-Map FSC (Helical Details: Relion-based IHRSR) / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数103824 0 0 0 103824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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