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万見
- PDB-3j9d: Atomic structure of a non-enveloped virus reveals pH sensors for ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9d
タイトルAtomic structure of a non-enveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry
要素Outer capsid protein VP2
キーワードVIRAL PROTEIN / non-enveloped virus / cell entry / pH sensor
機能・相同性Outer capsid protein VP2, Orbivirus / Orbivirus outer capsid protein VP2 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Outer capsid protein VP2
機能・相同性情報
生物種Bluetongue virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, X. / Patel, A. / Celma, C. / Roy, P. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Atomic model of a nonenveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry.
著者: Xing Zhang / Avnish Patel / Cristina C Celma / Xuekui Yu / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- ...Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- and low-pH structures of bluetongue virus (BTV), which enters cells via a two-stage endosomal process. The receptor-binding protein VP2 possesses a zinc finger that may function to maintain VP2 in a metastable state and a conserved His866, which senses early-endosomal pH. The membrane-penetration protein VP5 has three domains: dagger, unfurling and anchoring. Notably, the β-meander motif of the anchoring domain contains a histidine cluster that can sense late-endosomal pH and also possesses four putative membrane-interaction elements. Exposing BTV to low pH detaches VP2 and dramatically refolds the dagger and unfurling domains of VP5. Our biochemical and structure-guided-mutagenesis studies support these coordinated pH-sensing mechanisms.
履歴
登録2015年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6239
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1912
ポリマ－112,1251
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP2 / VP2


分子量: 112125.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bluetongue virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: B7U676
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Bluetongue Virus 1VIRUS0
2VP2 of Bluetongue Virus1
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Capra hircus
緩衝液pH: 8.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh grid with thin carbon support
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年11月29日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 14000 X / 倍率（補正後）: 24140 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 82 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1630

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解析

EMソフトウェア名称: FREALIGN / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: reference match / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5008 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.01 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.01 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.3→3.3 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1808 456 0.06 %
Rwork0.1826 784934 -
obs0.1826 785390 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 243.6 Å2 / Biso mean: 53.5661 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→39.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6085 0 1 0 6086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0276221
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.9678420
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.079929
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0091078
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.3142342
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.5-4.00630.30321680.2804261967262135
4.0063-5.04590.13881200.1455261570261690
5.0459-39.92630.14781680.1591261397261565
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -70.3706 Å / Origin y: 90.8331 Å / Origin z: 351.1993 Å
111213212223313233
T0.2194 Å20.0199 Å2-0.0152 Å2-0.2392 Å20.0014 Å2--0.2144 Å2
L0.6088 °20.3129 °2-0.1275 °2-1.3645 °20.1281 °2--0.7259 °2
S0.0909 Å °-0.1106 Å °0.2265 Å °0.217 Å °-0.032 Å °0.0006 Å °-0.2821 Å °0.047 Å °0.0365 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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