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- PDB-3j4q: Pseudo-atomic model of the AKAP18-PKA complex in a bent conformat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j4q
タイトルPseudo-atomic model of the AKAP18-PKA complex in a bent conformation derived from electron microscopy
要素
  • A-kinase anchor protein 18
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / A-kinase anchoring protein / cAMP-Dependent Kinase / RII / PKA regulatory subunit II / phosphorylation / anchoring / intrinsic disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling ...cAMP-dependent protein kinase regulator activity / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / exocytic vesicle / MAPK6/MAPK4 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of membrane repolarization / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / RET signaling / nucleotide-activated protein kinase complex / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Mitochondrial protein degradation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Ion homeostasis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / protein kinase A binding / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / AMP binding / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / action potential / cAMP/PKA signal transduction / plasma membrane raft / lateral plasma membrane / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cAMP binding / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / T-tubule / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / sarcoplasmic reticulum / cellular response to cAMP / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / kinase activity / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / apical plasma membrane / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / synapse / centrosome
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : ...A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / A-kinase anchor protein 7 isoforms delta and gamma / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35 Å
データ登録者Reichow, S.L. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Intrinsic disorder within an AKAP-protein kinase A complex guides local substrate phosphorylation.
著者: F Donelson Smith / Steve L Reichow / Jessica L Esseltine / Dan Shi / Lorene K Langeberg / John D Scott / Tamir Gonen /
要旨: Anchoring proteins sequester kinases with their substrates to locally disseminate intracellular signals and avert indiscriminate transmission of these responses throughout the cell. Mechanistic ...Anchoring proteins sequester kinases with their substrates to locally disseminate intracellular signals and avert indiscriminate transmission of these responses throughout the cell. Mechanistic understanding of this process is hampered by limited structural information on these macromolecular complexes. A-kinase anchoring proteins (AKAPs) spatially constrain phosphorylation by cAMP-dependent protein kinases (PKA). Electron microscopy and three-dimensional reconstructions of type-II PKA-AKAP18γ complexes reveal hetero-pentameric assemblies that adopt a range of flexible tripartite configurations. Intrinsically disordered regions within each PKA regulatory subunit impart the molecular plasticity that affords an ∼16 nanometer radius of motion to the associated catalytic subunits. Manipulating flexibility within the PKA holoenzyme augmented basal and cAMP responsive phosphorylation of AKAP-associated substrates. Cell-based analyses suggest that the catalytic subunit remains within type-II PKA-AKAP18γ complexes upon cAMP elevation. We propose that the dynamic movement of kinase sub-structures, in concert with the static AKAP-regulatory subunit interface, generates a solid-state signaling microenvironment for substrate phosphorylation. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01319.001.
履歴
登録2013年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5755
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-kinase anchor protein 18
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,0245
ポリマ－212,0245
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 A-kinase anchor protein 18 / AKAP18


分子量: 39478.773 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf-9 / 参照: UniProt: Q6JP77*PLUS
#2: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Protein kinase / cAMP dependent regulatory / type II alpha / isoform CRA_b / cAMP-dependent protein ...Protein kinase / cAMP dependent regulatory / type II alpha / isoform CRA_b / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory chain / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 45644.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkar2a, mCG_16488 / プラスミド: pET15a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8K1M3, UniProt: P12367*PLUS
#3: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40628.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkaca, Pkaca / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05132, cAMP-dependent protein kinase
配列の詳細AKAP18 IN THIS ENTRY IS FROM HOMO SAPIENS, BUT THE MODELED SEQUENCE IS FROM RATTUS NORVEGICUS (UNP Q6JP77).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1AKAP18-PKA Complex in Bent ConformationCOMPLEXHetero-pentamer composed of one AKAP18 bound to a dimer of the PKA Regulatory Subunit II and two copies of the PKA Catalytic Subunit0
2A-Kinase Anchoring Protein 181
3A-Protein Kinase Regulatory Subunit II alpha1
4A-Protein Kinase Catalytic Subunit1
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.24 MDaYES
210.22 MDaNO
緩衝液名称: 25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT
pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT
試料濃度: 0.005 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO / 詳細: Stain 0.75% (w/v) uranyl formate
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Formate
試料支持詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12 / 日付: 2012年5月1日
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 52000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 6.3 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: Single-Tilt / 温度: 298 K / 傾斜角・最大: 50 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN
画像スキャンデジタル画像の数: 1335
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2FREALIGN３次元再構成
3IMAGIC３次元再構成
CTF補正詳細: Each Micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Angular Reconstitution and Refinement / 解像度: 35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.2 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.2 Å
詳細: (Single particle details: Images were processed in IMAGIC and ISAC. 3D reconstruction was done in IMAGIC and FREALIGN.) (Single particle--Applied symmetry: C1)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間Target criteria詳細
1RIGID BODY FITREALcross-correlationREFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--This domain was linked to the AKAP18 central domain (PDB 2VFL) using COOT and they were fit together into the EM density.
2RIGID BODY FITREALcross-correlationREFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--This domain was linked to the AKAP RII Binding Domain (PDB 2IZX) using COOT and they were fit together into the EM density.
3RIGID BODY FITREALcross-correlationREFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--This domain was linked to the PKA RIIalpha D/D domain (PDB 2IZX) using COOT and they were fit together into the EM density.
原子モデル構築

Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-ID
12IZX

2izx

A12IZX1
22IZX

2izx

B12IZX1
32VFL

2vfl

A22VFL2
42QVS

2qvs

A32QVS3
52QVS

2qvs

B32QVS3
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12903 0 0 0 12903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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