[日本語] English
万見
- PDB-3j2t: An improved model of the human apoptosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j2t
タイトルAn improved model of the human apoptosome
要素
  • Apoptotic protease-activating factor 1
  • Cytochrome c
キーワードAPOPTOSIS / Apoptosis protease activating factor-1 / Apaf-1 / cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / Respiratory electron transport / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Transcriptional Regulation by E2F6 / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / : / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / forebrain development / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient / kidney development / neural tube closure / positive regulation of apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / ADP binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nervous system development / regulation of apoptotic process / secretory granule lumen / neuron apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / electron transfer activity / cell differentiation / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / nucleotide binding / apoptotic process / heme binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB ...Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Apoptotic protease-activating factor 1 / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Yuan, S. / Topf, M. / Akey, C.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Changes in Apaf-1 conformation that drive apoptosome assembly.
著者: Shujun Yuan / Maya Topf / Thomas F Reubold / Susanne Eschenburg / Christopher W Akey /
要旨: Apoptosome assembly is highly regulated in the intrinsic cell death pathway. To better understand this step, we created an improved model of the human apoptosome using a crystal structure of full ...Apoptosome assembly is highly regulated in the intrinsic cell death pathway. To better understand this step, we created an improved model of the human apoptosome using a crystal structure of full length Apaf-1 and a single particle, electron density map at ~9.5 Å resolution. The apoptosome model includes N-terminal domains of Apaf-1, cognate β-propellers, and cytochrome c. A direct comparison of Apaf-1 in the apoptosome and as a monomer reveals conformational changes that occur during the first two steps of assembly. This includes an induced-fit mechanism for cytochrome c binding to regulatory β-propellers, which is dependent on shape and charge complementarity, and a large rotation of the nucleotide binding module during nucleotide exchange. These linked conformational changes create an extended Apaf-1 monomer and drive apoptosome assembly. Moreover, the N-terminal CARD in the inactive Apaf-1 monomer is not shielded from other proteins by β-propellers. Hence, the Apaf-1 CARD may be free to interact with a procaspase-9 CARD either before or during apoptosome assembly. Irrespective of the timing, the end product of assembly is a holo-apoptosome with an acentric CARD-CARD disk and tethered pc-9 catalytic domains. Subsequent activation of pc-9 leads to a proteolytic cascade and cell death.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of an apoptosome-procaspase-9 CARD complex.
著者: Shujun Yuan / Xinchao Yu / Maya Topf / Steven J Ludtke / Xiaodong Wang / Christopher W Akey /
要旨: Apaf-1 coassembles with cytochrome c to form the apoptosome, which then binds and activates procaspase-9 (pc-9). We removed pc-9 catalytic domains from the holoapoptosome by site-directed ...Apaf-1 coassembles with cytochrome c to form the apoptosome, which then binds and activates procaspase-9 (pc-9). We removed pc-9 catalytic domains from the holoapoptosome by site-directed thrombinolysis. A structure of the resulting apoptosome-pc-9 CARD complex was then determined at approximately 9.5 A resolution. In our model, the central hub is constructed like other AAA+ protein rings but also contains novel features. At higher radius, the regulatory region of each Apaf-1 is comprised of tandem seven and eight blade beta-propellers with cytochrome c docked between them. Remarkably, Apaf-1 CARDs are disordered in the ground state. During activation, each Apaf-1 CARD interacts with a pc-9 CARD and these heterodimers form a flexibly tethered "disk" that sits above the central hub. When taken together, the data reveal conformational changes during Apaf-1 assembly that allow pc-9 activation. The model also provides a plausible explanation for the effects of NOD mutations that have been mapped onto the central hub.
履歴
登録2012年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年4月10日ID: 3IZA
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5186
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5186
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apoptotic protease-activating factor 1
B: Apoptotic protease-activating factor 1
C: Apoptotic protease-activating factor 1
D: Apoptotic protease-activating factor 1
E: Apoptotic protease-activating factor 1
F: Apoptotic protease-activating factor 1
G: Apoptotic protease-activating factor 1
H: Cytochrome c
I: Cytochrome c
J: Cytochrome c
K: Cytochrome c
L: Cytochrome c
M: Cytochrome c
N: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,097,70428
ポリマ－1,089,83814
非ポリマー7,86614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1


分子量: 144095.812 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Apaf-1, APAF1, KIAA0413 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf21 / 参照: UniProt: O14727
#2: タンパク質
Cytochrome c


分子量: 11595.392 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P62894
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Human Apaf-1 apoptosome with stably bound cytochrome c and procaspase-9 CARDs.COMPLEXRecombinant procaspase-9 was added to form pc-9 apoptosomes and thrombin was added to cleave an engineered site in the CARD-p20 linker of pc-9. This released catalytic domains of pc-9 and left pc-9 CARDs bound to flexibly attached Apaf-1 CARDs which together form a flexibly attached disk that sits on top of the Apaf-1 platform. The CARD-CARD disk has not been modeled due to flexibility.0
2Apaf-17 Apaf-1 and 7 cytochrome c molecules were co-assembled to form a heptameric apoptosome1
緩衝液名称: low salt HEPES buffer / pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R1.2/1.3 holey grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 2 seconds before plunging (FEI VITROBOT MARK III)
手法: Blot for 2 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2008年8月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 62000 X / 倍率（補正後）: 62000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
資料ホルダタイプ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
温度: 96 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 400
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Rosettaモデルフィッティング
2Situsモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction was done on each particle image based on summed power spectra from each micrograph.
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成手法: Projection Matching / 解像度: 9.5 Å / 粒子像の数: 34000 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.26 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.26 Å / 倍率補正: TMV images / 詳細: EMAN was used for reconstruction using C7 symmetry. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間Target criteria詳細
1FLEXIBLE FITREALCross-correlation coefficientMETHOD--flexible fitting REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body docking followed by flexible fitting DETAILS--Modeller was used to create a full length human Apaf-1. Initial fit was done using Chimera rigid body fitting. Rosetta was used for flexible fitting.
2RIGID BODY FITREALCross-correlation coefficientMETHOD--rigid body fitting REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--Cytochrome c was fitted into its local density using Situs.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11Z6T

1z6t

1
23SFZ

3sfz

1
32B4Z

2b4z

2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数69671 0 518 0 70189

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る