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万見
- PDB-3iyz: Structure of Aquaporin-4 S180D mutant at 10.0 A resolution from e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iyz
タイトルStructure of Aquaporin-4 S180D mutant at 10.0 A resolution from electron micrograph
要素Aquaporin-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / WATER TRANSPORT / WATER CHANNEL / AQUAPORIN / TWO-DIMENSIONAL CRYSTAL / MEMBRANE PROTEIN / BACULOVIRUS EXPRESSION SYSTEM / GLYCOPROTEIN / MEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Passive transport by Aquaporins / cerebrospinal fluid secretion / renal water absorption / regulation of vascular endothelial growth factor production / cerebrospinal fluid circulation / astrocyte end-foot / intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / negative regulation of cell adhesion molecule production ...Passive transport by Aquaporins / cerebrospinal fluid secretion / renal water absorption / regulation of vascular endothelial growth factor production / cerebrospinal fluid circulation / astrocyte end-foot / intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / negative regulation of cell adhesion molecule production / cell projection membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cellular response to interleukin-6 / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of interleukin-6 production / cellular response to interleukin-1 / response to glucocorticoid / T-tubule / basal plasma membrane / cellular response to estradiol stimulus / establishment of localization in cell / female pregnancy / cellular response to glucose stimulus / sensory perception of sound / carbon dioxide transport / sarcolemma / cellular response to type II interferon / cell-cell adhesion / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / endosome membrane / external side of plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
データ登録者Mitsuma, T. / Tani, K. / Hiroaki, Y. / Kamegawa, A. / Suzuki, H. / Hibino, H. / Kurachi, Y. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Influence of the cytoplasmic domains of aquaporin-4 on water conduction and array formation.
著者: Tadanori Mitsuma / Kazutoshi Tani / Yoko Hiroaki / Akiko Kamegawa / Hiroshi Suzuki / Hiroshi Hibino / Yoshihisa Kurachi / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Phosphorylation of Ser180 in cytoplasmic loop D has been shown to reduce the water permeability of aquaporin (AQP) 4, the predominant water channel in the brain. However, when the structure of the ...Phosphorylation of Ser180 in cytoplasmic loop D has been shown to reduce the water permeability of aquaporin (AQP) 4, the predominant water channel in the brain. However, when the structure of the S180D mutant (AQP4M23S180D), which was generated to mimic phosphorylated Ser180, was determined to 2.8 Å resolution using electron diffraction patterns, it showed no significant differences from the structure of the wild-type channel. High-resolution density maps usually do not resolve protein regions that are only partially ordered, but these can sometimes be seen in lower-resolution density maps calculated from electron micrographs. We therefore used images of two-dimensional crystals and determined the structure of AQP4M23S180D at 10 A resolution. The features of the 10-A density map are consistent with those of the previously determined atomic model; in particular, there were no indications of any obstruction near the cytoplasmic pore entrance. In addition, water conductance measurements, both in vitro and in vivo, show the same water permeability for wild-type and mutant AQP4M23, suggesting that the S180D mutation neither reduces water conduction through a conformational change nor reduces water conduction by interacting with a protein that would obstruct the cytoplasmic channel entrance. Finally, the 10-A map shows a cytoplasmic density in between four adjacent tetramers that most likely represents the association of four N termini. This finding supports the critical role of the N terminus of AQP4 in the stabilization of orthogonal arrays, as well as their interference through lipid modification of cysteine residues in the longer N-terminal isoform.
履歴
登録2010年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.content_type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5951
ポリマ－36,5951
非ポリマー00
水00
1
A: Aquaporin-4

A: Aquaporin-4

A: Aquaporin-4

A: Aquaporin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3814
ポリマ－146,3814
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.0, 69.0, 160.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin-4 / AQP-4 / WCH4 / Mercurial-insensitive water channel / MIWC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 36595.137 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 23-323 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Aqp4 / プラスミド: PBLUEBACHIS2B / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P47863

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: rat aquaporin-4 S180D mutant / タイプ: COMPLEX / 詳細: tetramer. The sample was embedded into lipid.
分子量値: 0.032 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: MES buffer / pH: 6
詳細: 10mM MES, 75mM NaCl, 50mM MgCl2, 2mM DTT, 1% glycerol, 7% trehalose
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 10mM MES, 75mM NaCl, 50mM MgCl2, 2mM DTT, 1% glycerol, 7% trehalose
試料支持詳細: The molybdenum grids were covered with solid carbon
急速凍結装置: REICHERT-JUNG PLUNGER / 凍結剤: NITROGEN / 凍結前の試料温度: 277 K
手法: The grid was blotted with filter paper and plunged into liquid nitrogen.
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL KYOTO-3000SFF
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 90000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3730 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 430 nm / Cs: 1.6 mm
非点収差: bjective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER
資料ホルダタイプ: Top entry liquid helium cooled cryo specimen holder
温度: 4.2 K / 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 °
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 詳細: Tietz 4K CCD
回折平均測定温度: 4.2 K
検出器日付: 2008年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: MRC / 分類: データスケーリング
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2MRC３次元再構成
CTF補正詳細: Each image
3次元再構成手法: 2D-crystals / 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: OTHER / ピクセルサイズ（公称値）: 1.67 Å / 倍率補正: Each image / 詳細: MRC / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築PDB-ID: 2ZZ9

2zz9

精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZZ9

2zz9


最高解像度: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数223 0 0 0 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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