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万見
- PDB-3iy8: Leishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iy8
タイトルLeishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 10
  • Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit
キーワードRIBOSOME / Leishmania tarentolae / Mitochondrial ribosome / CryoEM / Minimal RNA. / Antibiotic resistance / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Repressor / Translation regulation / tRNA-binding / Methylation / Endonuclease / Hydrolase / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / regulation of mRNA stability / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation ...misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / regulation of mRNA stability / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. ...Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.1 Å
データ登録者Sharma, M.R. / Booth, T.M. / Simpson, L. / Maslov, D.A. / Agrawal, R.K.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Structure of a mitochondrial ribosome with minimal RNA.
著者: Manjuli R Sharma / Timothy M Booth / Larry Simpson / Dmitri A Maslov / Rajendra K Agrawal /
要旨: The Leishmania tarentolae mitochondrial ribosome (Lmr) is a minimal ribosomal RNA (rRNA)-containing ribosome. We have obtained a cryo-EM map of the Lmr. The map reveals several features that have not ...The Leishmania tarentolae mitochondrial ribosome (Lmr) is a minimal ribosomal RNA (rRNA)-containing ribosome. We have obtained a cryo-EM map of the Lmr. The map reveals several features that have not been seen in previously-determined structures of eubacterial or eukaryotic (cytoplasmic or organellar) ribosomes to our knowledge. Comparisons of the Lmr map with X-ray crystallographic and cryo-EM maps of the eubacterial ribosomes and a cryo-EM map of the mammalian mitochondrial ribosome show that (i) the overall structure of the Lmr is considerably more porous, (ii) the topology of the intersubunit space is significantly different, with fewer intersubunit bridges, but more tunnels, and (iii) several of the functionally-important rRNA regions, including the alpha-sarcin-ricin loop, have different relative positions within the structure. Furthermore, the major portions of the mRNA channel, the tRNA passage, and the nascent polypeptide exit tunnel contain Lmr-specific proteins, suggesting that the mechanisms for mRNA recruitment, tRNA interaction, and exiting of the nascent polypeptide in Lmr must differ markedly from the mechanisms deduced for ribosomes in other organisms. Our study identifies certain structural features that are characteristic solely of mitochondrial ribosomes and other features that are characteristic of both mitochondrial and chloroplast ribosomes (i.e., organellar ribosomes).
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5113
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • PDB-3iy9 との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5113
  • + PDB-3iy9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,51711
ポリマ－289,51711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 172221.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物)

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30S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 EFHIKLOPQR

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R358

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leishmania Mitochondrial 50S Ribosome / タイプ: RIBOSOME / 詳細: Monomer
分子量値: 2.1 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.1 mM EDTA and 0.05% dodecyl maltoside
試料濃度: 0.067 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.1 mM EDTA and 0.05% dodecyl maltoside
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 手法: Plunge freeze

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50760 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: eucentric / 温度: 80 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Each Micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Projection Matching / 解像度: 14.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 53475 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 540 0 0 1591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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