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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ixm | ||||||
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タイトル | Structure of the Gly74Cys mutant of arylmalonate decarboxylase in the sulfate ion associated form | ||||||
要素 | Arylmalonate decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / enantioselective racemase / Decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Nakasako, M. / Obata, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structural Basis for Inverting the Enantioselectivity of Arylmalonate Decarboxylase Revealed by the Structural Analysis of the Gly74Cys/Cys188Ser Mutant in the Liganded Form 著者: Obata, R. / Nakasako, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction experiments of arylmalonate decarboxylase from Alcaligenes bronchisepticus 著者: Nakasako, M. / Obata, R. / Okubo, R. / Nakayama, S. / Miyamoto, K. / Ohta, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ixm.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ixm.ent.gz | 41.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ixm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ixm_validation.pdf.gz | 435.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ixm_full_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ixm_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ixm_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ixm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ixm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24801.449 Da / 分子数: 1 / 変異: G74C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: KU1201 / プラスミド: pAMD101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-MCR / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 15%(w/v) glycerol, 0.1M HEPES, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 16054 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Num. measured all: 174138 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.129 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DTV 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.484 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.296 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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