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- PDB-3ix4: LasR-TP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ix4
タイトルLasR-TP1 complex
要素Transcriptional activator protein lasR
キーワードTRANSCRIPTION / Quorum sensing / triphenyl mimic / Activator / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of elastin catabolic process / quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TX1 / Transcriptional activator protein LasR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zou, Y. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Molecular basis for the recognition of structurally distinct autoinducer mimics by the Pseudomonas aeruginosa LasR quorum-sensing signaling receptor.
著者: Zou, Y. / Nair, S.K.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator protein lasR
B: Transcriptional activator protein lasR
C: Transcriptional activator protein lasR
D: Transcriptional activator protein lasR
E: Transcriptional activator protein lasR
F: Transcriptional activator protein lasR
G: Transcriptional activator protein lasR
H: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,14016
ポリマ－154,5918
非ポリマー4,5498
水26,9681497
1
A: Transcriptional activator protein lasR
C: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7854
ポリマ－38,6482
非ポリマー1,1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子

E: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7854
ポリマ－38,6482
非ポリマー1,1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_644-x+1,y-1/2,-z-11
Buried area1880 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
3
D: Transcriptional activator protein lasR
G: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7854
ポリマ－38,6482
非ポリマー1,1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
4
F: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子

H: Transcriptional activator protein lasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7854
ポリマ－38,6482
非ポリマー1,1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.196, 84.546, 156.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator protein lasR


分子量: 19323.857 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lasR, PA1430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25084
#2: 化合物
ChemComp-TX1 / 2,4-dibromo-6-({[(2-nitrophenyl)carbonyl]amino}methyl)phenyl 2-chlorobenzoate


分子量: 568.599 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H13Br2ClN2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 16% PEG 4000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 348440 / Num. obs: 127357 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique all: 11889 / Rsym value: 0.192 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3IX3

3ix3


解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.976 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24675 6404 5 %RANDOM
Rwork0.19887 ---
obs0.20126 120893 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20.38 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10499 0 248 1497 12244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02211036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.9814956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80951322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55523.738511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.786151751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7871564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.25675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.27559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.56819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.992210480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45335063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2164.54476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 430 -
Rwork0.232 8212 -
obs--90.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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