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万見
- PDB-3iwk: Crystal structure of aminoaldehyde dehydrogenase 1 from Pisum sat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwk
タイトルCrystal structure of aminoaldehyde dehydrogenase 1 from Pisum sativum (PsAMADH1)
要素Aminoaldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / dimer / aminoaldehyde dehydrogenase / betaine aldehyde dehydrogenase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / sodium ion binding / cellular detoxification of aldehyde / peroxisome / nucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aminoaldehyde dehydrogenase 1, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kopecny, D. / Morera, S. / Briozzo, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of plant aminoaldehyde dehydrogenase from Pisum sativum with a broad specificity for natural and synthetic aminoaldehydes.
著者: Tylichova, M. / Kopecny, D. / Morera, S. / Briozzo, P. / Lenobel, R. / Snegaroff, J. / Sebela, M.
履歴
登録2009年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoaldehyde dehydrogenase
B: Aminoaldehyde dehydrogenase
C: Aminoaldehyde dehydrogenase
D: Aminoaldehyde dehydrogenase
E: Aminoaldehyde dehydrogenase
F: Aminoaldehyde dehydrogenase
G: Aminoaldehyde dehydrogenase
H: Aminoaldehyde dehydrogenase
I: Aminoaldehyde dehydrogenase
J: Aminoaldehyde dehydrogenase
K: Aminoaldehyde dehydrogenase
L: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)668,53056
ポリマ－658,42512
非ポリマー10,10544
水35,9761997
1
A: Aminoaldehyde dehydrogenase
B: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2958
ポリマ－109,7372
非ポリマー1,5576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35110 Å2
手法PISA
2
C: Aminoaldehyde dehydrogenase
D: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3218
ポリマ－109,7372
非ポリマー1,5836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area35310 Å2
手法PISA
3
E: Aminoaldehyde dehydrogenase
F: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2027
ポリマ－109,7372
非ポリマー1,4655
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area34990 Å2
手法PISA
4
G: Aminoaldehyde dehydrogenase
H: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,47910
ポリマ－109,7372
非ポリマー1,7418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
5
I: Aminoaldehyde dehydrogenase
J: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3879
ポリマ－109,7372
非ポリマー1,6497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
6
K: Aminoaldehyde dehydrogenase
L: Aminoaldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,84714
ポリマ－109,7372
非ポリマー2,11012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area35000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.410, 216.870, 205.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Aminoaldehyde dehydrogenase


分子量: 54868.746 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: amadh1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VWZ1, aminobutyraldehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 2041分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 13% PEG 6000, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, 5mM NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 291593 / Num. obs: 290858 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 40.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.4-2.530.6223.72466134231899.5
2.53-2.680.4335.12393553925899.6
2.68-2.870.372471803872799.7
2.87-3.10.193102339493509299.8
3.1-3.390.12914.12194453172599.8
3.39-3.790.08619.92096552943399.9
3.79-4.380.06824.819085826086100
4.38-5.370.05628.515877022008100
5.37-7.590.05328.712703416895100
7.590.03634.468875931699.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CW3

1cw3


解像度: 2.4→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.016 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2436 14543 5 %RANDOM
Rwork0.19979 ---
obs0.20198 276314 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.72 Å2 / Biso mean: 34.693 Å2 / Biso min: 14.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å20 Å20.12 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45663 0 645 1997 48305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02247361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.98664364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.24555958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33424.5421845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.913158083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.98915243
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.27326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02134993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3581.529631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.698247790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.972317730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7424.516565
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 1066 -
Rwork0.263 20270 -
all-21336 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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