PDB-3ivy: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ivy

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP125, p212121 crystal form

要素

Cytochrome P450 CYP125

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cholesterol / cytochrome P450 / tuberculosis / monooxygenase / Heme / Iron / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / biological process involved in interaction with host / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.352 Å

データ登録者

McLean, K.J. / Levy, C. / Munro, A.W. / Leys, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Mycobacterium tuberculosis CYP125: molecular basis for cholesterol binding in a P450 needed for host infection.
著者: McLean, K.J. / Lafite, P. / Levy, C. / Cheesman, M.R. / Mast, N. / Pikuleva, I.A. / Leys, D. / Munro, A.W.

履歴

登録	2009年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2015年9月23日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ivy.cif.gz	213.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ivy.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ivy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ivy_validation.pdf.gz	803.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ivy_full_validation.pdf.gz	822.1 KB	表示
XML形式データ	3ivy_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	3ivy_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iw0C 3iw1C 3iw2C 1cptS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3iw1-d 6j88-2 5d40-2 6zi3-5 4bf4-8 5yqh-4 3iw2-d 1ksd-d 6unn-d 2vus-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 CYP125

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.030, 86.020, 89.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytochrome P450 CYP125 分子量: 48491.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Protein was produced in E.coli HMS174(DE3) (typically 15-20 L, grown in 2YT media) by IPTG (0.15 mM) induction in presence of the heme precursor delta aminolevulinic acid (delALA, 0.1 mM) at ...詳細: Protein was produced in E.coli HMS174(DE3) (typically 15-20 L, grown in 2YT media) by IPTG (0.15 mM) induction in presence of the heme precursor delta aminolevulinic acid (delALA, 0.1 mM) at OD600 = 0.6, with temperature then reduced from 37 deg C to 23 deg C and culture continued for 24 hrs. 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: cyp125, MT3649, MTCY03C7.11, Rv3545c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) 参照: UniProt: P63709, UniProt: P9WPP1*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallization was refined to two different conditions, both consisting of MgCl2 with 0.1 M HEPES (either pH 7.0 or 7.5) and 20% PEG 6000 or 25% PEG 3350, respectively. , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Crystallization was refined to two different conditions, both consisting of MgCl2 with 0.1 M HEPES (either pH 7.0 or 7.5) and 20% PEG 6000 or 25% PEG 3350, respectively. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallization was refined to two different conditions, both consisting of MgCl2 with 0.1 M HEPES (either pH 7.0 or 7.5) and 20% PEG 6000 or 25% PEG 3350, respectively. , VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月1日詳細: Single crystal monochromator and toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 99798 / Num. obs: 99798 / % possible obs: 97.95 % / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.35→1.38 Å / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1CPT

1cpt

解像度: 1.352→28.223 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	5013	5.02 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1608	99798	97.95 %
all	-	99798	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.998 Å² / k_sol: 0.38 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.352→28.223 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3141	0	43	708	3892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.033	3395
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.528	4645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.733	1229
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.189	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.352-1.3675	0.3892	135	0.3456	2663	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3675-1.3836	0.3555	161	0.3195	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3836-1.4005	0.3248	190	0.2908	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4005-1.4182	0.325	162	0.2672	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4182-1.4369	0.2871	178	0.2396	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4369-1.4565	0.269	178	0.2466	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4565-1.4773	0.3045	164	0.2342	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4773-1.4994	0.2344	160	0.2077	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4994-1.5228	0.2328	159	0.1879	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5228-1.5478	0.2665	178	0.1857	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5478-1.5745	0.2283	153	0.1599	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5745-1.6031	0.1982	195	0.1436	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6031-1.6339	0.181	149	0.1375	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6339-1.6673	0.2035	190	0.1248	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6673-1.7035	0.1749	169	0.1149	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7035-1.7432	0.1704	151	0.1081	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7432-1.7867	0.1835	172	0.1147	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7867-1.835	0.1979	170	0.1141	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.835-1.889	0.1706	179	0.1172	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.889-1.95	0.2188	156	0.1529	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.0197	0.1729	160	0.1187	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.1005	0.1633	178	0.103	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1005-2.1961	0.1566	162	0.1132	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.3118	0.2327	150	0.151	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3118-2.4566	0.165	167	0.1367	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4566-2.6461	0.1779	163	0.13	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6461-2.9121	0.1725	193	0.1383	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9121-3.333	0.1579	176	0.1319	3247	X-RAY DIFFRACTION	99
3.333-4.197	0.1735	161	0.1439	2981	X-RAY DIFFRACTION	90
4.197-28.229	0.2192	154	0.1989	2558	X-RAY DIFFRACTION	74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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