- PDB-3ivr: CRYSTAL STRUCTURE OF PUTATIVE long-chain-fatty-acid CoA ligase FR... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3ivr
タイトル
CRYSTAL STRUCTURE OF PUTATIVE long-chain-fatty-acid CoA ligase FROM Rhodopseudomonas palustris CGA009
要素
Putative long-chain-fatty-acid CoA ligase
キーワード
LIGASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / FATTY ACID COA-LIGASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / FATTY ACID SYNTHESIS / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→50 Å / Num. obs: 76210 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 41.36 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 69.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.3.0034
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.528 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21737
2180
3 %
RANDOM
Rwork
0.1726
-
-
-
obs
0.17397
70835
95.95 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK