PDB-3iuf: Crystal structure of the C2H2-type zinc finger domain of human ubi-d4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iuf

タイトル

Crystal structure of the C2H2-type zinc finger domain of human ubi-d4

要素

Zinc finger protein ubi-d4

キーワード

PROTEIN BINDING / Structural Genomics Consortium (SGC) / zinc finger / C2H2 / Apoptosis / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / nBAF complex / histone H4K16ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tempel, W. / Xu, C. / Bian, C. / Adams-Cioaba, M. / Eryilmaz, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the Cys2His2-type zinc finger domain of human DPF2.
著者: Zhang, W. / Xu, C. / Bian, C. / Tempel, W. / Crombet, L. / MacKenzie, F. / Min, J. / Liu, Z. / Qi, C.

履歴

登録	2009年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年5月2日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iuf.cif.gz	20.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iuf.ent.gz	10.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iuf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iuf_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iuf_full_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示
XML形式データ	3iuf_validation.xml.gz	3.4 KB	表示
CIF形式データ	3iuf_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7znf-d 5znf-d 2men-d 1klr-d 1u85-d 1zmq-4 1zmm-2 1zfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (6)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Zinc finger protein ubi-d4

ヘテロ分子

5.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.714, 57.657, 22.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-13- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Zinc finger protein ubi-d4 / Requiem / Apoptosis response zinc finger protein / D4 / zinc and double PHD fingers family 2 分子量: 5500.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 203-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPF2, REQ, UBID4 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q92785
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 15.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 30% PEG 3000, 0.1M CHES, protein concentration 5mg/mL., pH 9.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	1.26514
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.28335

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年8月6日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年8月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.26514	1
2	1.28335	1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 7.8 / 数: 22760 / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 2.16 / D res high: 1.9 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 4911 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.15	40	100	1	0.046	1.468	4.9
4.09	5.15	100	1	0.052	1.689	4.9
3.58	4.09	100	1	0.053	1.813	4.8
3.25	3.58	100	1	0.067	1.633	4.9
3.02	3.25	100	1	0.08	1.693	4.9
2.84	3.02	100	1	0.093	1.315	4.9
2.7	2.84	100	1	0.099	1.506	4.8
2.58	2.7	100	1	0.121	1.468	4.8
2.48	2.58	99.6	1	0.131	1.386	4.8
2.39	2.48	100	1	0.16	1.468	4.7
2.32	2.39	100	1	0.161	1.341	4.9
2.25	2.32	100	1	0.235	1.617	4.7
2.19	2.25	99.2	1	0.203	1.357	4.5
2.14	2.19	100	1	0.256	3.002	4.8
2.09	2.14	100	1	0.275	6.01	4.7
2.05	2.09	100	1	0.33	1.879	4.4
2.01	2.05	99.6	1	0.324	1.51	4.3
1.97	2.01	100	1	0.436	6.547	4.1
1.93	1.97	99.2	1	0.5	3.505	4.1
1.9	1.93	99.6	1	0.55	2.543	3.7

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 3263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	6	0.522	1,2	98.7
1.83-1.86	6.6	0.478	1,2	99.4
1.86-1.9	6.9	0.461	1,2	100
1.9-1.94	7.4	0.495	1,2	100
1.94-1.98	7.8	0.391	1,2	100
1.98-2.03	8.6	0.37	1,2	100
2.03-2.08	8.4	0.294	1,2	100
2.08-2.13	8.9	0.303	1,2	100
2.13-2.2	9	0.245	1,2	100
2.2-2.27	8.7	0.225	1,2	100
2.27-2.35	8.9	0.22	1,2	100
2.35-2.44	8.9	0.177	1,2	100
2.44-2.55	8.6	0.174	1,2	100
2.55-2.69	8.9	0.154	1,2	100
2.69-2.86	8.6	0.131	1,2	100
2.86-3.08	8.6	0.124	1,2	100
3.08-3.39	8.5	0.097	1,2	100
3.39-3.88	8.1	0.072	1,2	100
3.88-4.88	8.3	0.065	1,2	100
4.88-40	7.5	0.068	1,2	100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→22.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 2.653 / SU ML: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	140	4.321 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.195	3240	99.5 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.502 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.442 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	258	0	1	18	277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	272
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.931	368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.026	5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.555	21.333	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.482	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.467	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	64
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.978	1.5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.195	1.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.764	2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.805	3	110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.605	4.5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	10	-
R_work	0.24	213	-
obs	-	-	94.09 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)