ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3IT1 解像度: 1.5→33.63 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.899 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.187 | 6342 | 5.07 % | based on test set used for refinement of the tartrate complex of this enzyme |
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Rwork | 0.172 | - | - | - |
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obs | 0.172 | 125177 | 99.93 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.415 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 93.46 Å2 / Biso mean: 20.712 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.63 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5220 | 0 | 46 | 580 | 5846 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 5478 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.983 | 7471 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.064 | 823 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 957 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.905 | 1999 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.5-1.517 | 0.21 | 205 | 0.185 | 3873 | 4078 | 100 | 1.517-1.535 | 0.207 | 207 | 0.19 | 3999 | 4206 | 100 | 1.535-1.554 | 0.229 | 210 | 0.189 | 3923 | 4133 | 100 | 1.554-1.573 | 0.196 | 208 | 0.174 | 3972 | 4180 | 100 | 1.573-1.594 | 0.203 | 226 | 0.177 | 3927 | 4153 | 100 | 1.594-1.616 | 0.188 | 209 | 0.174 | 4002 | 4211 | 100 | 1.616-1.639 | 0.203 | 202 | 0.171 | 3950 | 4152 | 100 | 1.639-1.663 | 0.198 | 214 | 0.167 | 3987 | 4201 | 100 | 1.663-1.689 | 0.172 | 208 | 0.162 | 3905 | 4113 | 100 | 1.689-1.717 | 0.202 | 228 | 0.164 | 3987 | 4215 | 100 | 1.717-1.747 | 0.185 | 225 | 0.164 | 3958 | 4183 | 100 | 1.747-1.778 | 0.206 | 222 | 0.162 | 3936 | 4158 | 100 | 1.778-1.813 | 0.172 | 206 | 0.16 | 4016 | 4222 | 100 | 1.813-1.85 | 0.188 | 219 | 0.157 | 3875 | 4094 | 100 | 1.85-1.89 | 0.186 | 206 | 0.163 | 3995 | 4201 | 100 | 1.89-1.934 | 0.174 | 202 | 0.152 | 3977 | 4179 | 100 | 1.934-1.982 | 0.201 | 202 | 0.16 | 3962 | 4164 | 100 | 1.982-2.036 | 0.208 | 215 | 0.162 | 3965 | 4180 | 100 | 2.036-2.096 | 0.174 | 211 | 0.162 | 3951 | 4162 | 100 | 2.096-2.163 | 0.186 | 209 | 0.164 | 3962 | 4171 | 100 | 2.163-2.241 | 0.161 | 214 | 0.156 | 3978 | 4192 | 100 | 2.241-2.33 | 0.183 | 210 | 0.161 | 3947 | 4157 | 100 | 2.33-2.436 | 0.183 | 215 | 0.162 | 3970 | 4185 | 100 | 2.436-2.565 | 0.203 | 210 | 0.179 | 4013 | 4223 | 100 | 2.565-2.725 | 0.188 | 198 | 0.184 | 3953 | 4151 | 100 | 2.725-2.936 | 0.184 | 240 | 0.178 | 3979 | 4219 | 100 | 2.936-3.231 | 0.201 | 194 | 0.183 | 3975 | 4169 | 100 | 3.231-3.698 | 0.167 | 227 | 0.165 | 3929 | 4156 | 100 | 3.698-4.657 | 0.143 | 192 | 0.15 | 3985 | 4177 | 100 | 4.657-33.639 | 0.201 | 208 | 0.188 | 3984 | 4192 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5614 | -0.0389 | -0.5147 | 0.5794 | 0.2785 | 0.7549 | -0.0048 | -0.0592 | -0.0288 | 0.0444 | 0.0455 | -0.0674 | 0.024 | 0.1666 | -0.0324 | 0.1048 | -0.0009 | 0.0018 | 0.1561 | -0.0149 | 0.0497 | 10.2716 | 16.4296 | -1.2372 | 2 | 0.5432 | -0.0388 | -0.2642 | 0.5731 | 0.5305 | 0.7223 | 0.0456 | 0.043 | 0.0683 | -0.0578 | -0.0067 | 0.032 | -0.1651 | -0.0211 | -0.0318 | 0.1626 | -0.0014 | 0.0177 | 0.1117 | 0.0009 | 0.0543 | -14.3855 | 41.211 | 1.3591 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA6 - 342 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB5 - 342 | | | | |
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