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- PDB-3isn: Crystal structure of HIV-1 RT bound to A 6-vinylpyrimidine inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3isn
タイトルCrystal structure of HIV-1 RT bound to A 6-vinylpyrimidine inhibitor
要素
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / HIV-1 / inhibitor / RT
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDM / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ennifar, E. / Freisz, S. / Bec, G. / Dumas, P. / Botta, M. / Radi, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a Non-Nucleoside Inhibitor with a Novel Mechanism of Action
著者: Freisz, S. / Bec, G. / Radi, M. / Wolff, P. / Crespan, E. / Angeli, L. / Dumas, P. / Maga, G. / Botta, M. / Ennifar, E.
履歴
登録2009年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Reverse transcriptase/ribonuclease H
D: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6713
ポリマ－114,4432
非ポリマー2271
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area45430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.121, 72.182, 93.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-586-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / HIV-1 reverse transcriptase / p66 RT


分子量: 64516.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
株: type 1 BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 49927.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
株: type 1 BH10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#3: 化合物 ChemComp-EDM / 6-ethenyl-N,N-dimethyl-2-(methylsulfonyl)pyrimidin-4-amine / DAVP-1


分子量: 227.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細E465Q IS MUTAGENESIS ACCORDING TO REFERENCE 9 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P03366 (POL_HV1B1).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris , 25% PEG 3350, 200mM ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日 / 詳細: crystal
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49675 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 52.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 40894 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_57)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1DLO

1dlo


解像度: 2.5→49.102 Å / FOM work R set: 0.704 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 35.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2805 1998 4.55 %
Rwork0.2209 --
obs0.2236 43911 88.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 154.84 Å2 / Biso mean: 63.51 Å2 / Biso min: 25.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.292 Å20 Å26.84 Å2
2--8.35 Å20 Å2
3---1.627 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7941 0 15 204 8160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35311109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7563072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4993-2.56180.44681530.4562320595
2.5618-2.6310.38281580.30913319100
2.631-2.70840.288320.323766820
2.7084-2.79590.37671600.29263359100
2.7959-2.89580.41771620.26183381100
2.8958-3.01170.30361590.23653348100
3.0117-3.14870.31351590.23493350100
3.1487-3.31470.32541590.2412332399
3.3147-3.52230.28331130.2455235270
3.5223-3.79420.26851230.2144260077
3.7942-4.17590.27441310.1912273781
4.1759-4.77970.21261610.17073380100
4.7797-6.02020.23431630.18523412100
6.0202-49.11170.23971650.18783479100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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