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万見
- PDB-3ise: Structure of mineralized Bfrb (double soak) from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ise
タイトルStructure of mineralized Bfrb (double soak) from Pseudomonas aeruginosa to 2.8A Resolution
要素Bacterioferritin
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron storage / Heme / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lovell, S. / Weeratunga, S.K. / Battaile, K.P. / Rivera, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Studies of Bacterioferritin B from Pseudomonas aeruginosa Suggest a Gating Mechanism for Iron Uptake via the Ferroxidase Center
著者: Weeratunga, S.K. / Lovell, S. / Yao, H. / Battaile, K.P. / Fischer, C.J. / Gee, C.E. / Rivera, M.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
M: Bacterioferritin
N: Bacterioferritin
O: Bacterioferritin
P: Bacterioferritin
Q: Bacterioferritin
R: Bacterioferritin
S: Bacterioferritin
T: Bacterioferritin
U: Bacterioferritin
V: Bacterioferritin
W: Bacterioferritin
X: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,89766
ポリマ－445,92424
非ポリマー8,97342
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area84120 Å2
ΔGint-862 kcal/mol
Surface area134120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.712, 203.206, 207.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T
211U
221V
231W
241X

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 156 / Label seq-ID: 3 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
13MM
14NN
15OO
16PP
17QQ
18RR
19SS
20TT
21UU
22VV
23WW
24XX

-
要素

#1: タンパク質 ...
Bacterioferritin


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic express RIL / 参照: UniProt: Q9HY79
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 35% MPD, 100mM MES, 200mM Li2SO4, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1.6531
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 20.0 sec, detector distance 140.00 mm
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6531 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.17 / 数: 955818
反射解像度: 2.8→47.51 Å / Num. obs: 131241 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 12.97
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Rsym value: 0.753 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 955818

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IS7

3is7


解像度: 2.8→47.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.598 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.672 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 6600 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 131148 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30414 0 546 0 30960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02131518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0228325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5532.01542614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.716366167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29653676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06725.8571680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.916156082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.68715120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.24612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0234516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.025572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4911.518284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1261.57640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.024229305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.718313234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0234.513309
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2424 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.270.5
2Bmedium positional0.280.5
3Cmedium positional0.280.5
4Dmedium positional0.280.5
5Emedium positional0.270.5
6Fmedium positional0.260.5
7Gmedium positional0.250.5
8Hmedium positional0.350.5
9Imedium positional0.270.5
10Jmedium positional0.30.5
11Kmedium positional0.280.5
12Lmedium positional0.290.5
13Mmedium positional0.270.5
14Nmedium positional0.280.5
15Omedium positional0.290.5
16Pmedium positional0.260.5
17Qmedium positional0.290.5
18Rmedium positional0.280.5
19Smedium positional0.290.5
20Tmedium positional0.280.5
21Umedium positional0.270.5
22Vmedium positional0.30.5
23Wmedium positional0.260.5
24Xmedium positional0.250.5
1Amedium thermal0.522
2Bmedium thermal0.522
3Cmedium thermal0.442
4Dmedium thermal0.492
5Emedium thermal0.452
6Fmedium thermal0.512
7Gmedium thermal0.462
8Hmedium thermal0.682
9Imedium thermal0.452
10Jmedium thermal0.452
11Kmedium thermal0.462
12Lmedium thermal0.442
13Mmedium thermal0.442
14Nmedium thermal0.482
15Omedium thermal0.542
16Pmedium thermal0.432
17Qmedium thermal0.572
18Rmedium thermal0.62
19Smedium thermal0.492
20Tmedium thermal0.482
21Umedium thermal0.452
22Vmedium thermal0.542
23Wmedium thermal0.522
24Xmedium thermal0.532
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 496 -
Rwork0.309 8967 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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