PDB-3is6: The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3is6

タイトル

The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein from Porphyromonas gingivalis to 2A

要素

putative permease protein, ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC / transporter / permease / porphyromonas / gingivalis / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Cell membrane / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / ABC transporter, permease protein, putative

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein from Porphyromonas gingivalis to 2A
著者: Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3is6.ent.gz	87.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3is6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3is6_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3is6_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is6	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2bbs-d 4fpx-d 3hl8-d 6flo-d 4ccg-d 2v21-d 1i8d-d 2deg-d 5vpv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90182.2

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative permease protein, ABC transporter

B: putative permease protein, ABC transporter

ヘテロ分子

56.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.390, 79.193, 105.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	putative permease protein, ABC transporter 分子量: 28041.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pMCSG8 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: PG0684, PG_0684 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MWD8
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 3000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 39970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 2.649 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	5	0.717	3955	0.97	1	100
2.02-2.1	5	0.503	3922	0.976	1	99.9
2.1-2.2	5	0.36	3946	1.029	1	100
2.2-2.31	5	0.258	3959	1.107	1	100
2.31-2.46	5	0.202	3945	1.237	1	100
2.46-2.65	5	0.156	3970	1.467	1	100
2.65-2.91	5	0.12	4004	2.092	1	99.9
2.91-3.33	4.9	0.095	4008	3.23	1	100
3.33-4.2	4.9	0.079	4045	5.163	1	99.9
4.2-50	4.6	0.082	4216	9.562	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.95→43.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.212 / SU B: 9.087 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	1994	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.215	39858	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3454	0	13	189	3656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.017	0.02	12
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.98	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.692	3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.752	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.619	23.172	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.507	15	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.989	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.57	1.5	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.199	1.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.05	2	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.245	3	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.285	4.5	1161

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.947-1.997	0.284	136	0.249	2648	2902	95.934
1.997-2.052	0.28	134	0.239	2693	2837	99.648
2.052-2.111	0.293	152	0.236	2582	2744	99.636
2.111-2.176	0.279	139	0.229	2543	2691	99.666
2.176-2.247	0.294	129	0.233	2501	2633	99.886
2.247-2.326	0.238	132	0.215	2389	2521	100
2.326-2.413	0.315	94	0.213	2336	2432	99.918
2.413-2.512	0.264	123	0.208	2240	2364	99.958
2.512-2.623	0.297	104	0.237	2159	2264	99.956
2.623-2.75	0.272	111	0.234	2058	2173	99.816
2.75-2.899	0.275	105	0.24	1943	2050	99.902
2.899-3.074	0.3	107	0.228	1872	1981	99.899
3.074-3.285	0.254	85	0.219	1764	1849	100
3.285-3.546	0.231	103	0.199	1613	1719	99.825
3.546-3.882	0.193	73	0.183	1519	1595	99.812
3.882-4.336	0.201	60	0.183	1393	1453	100
4.336-4.999	0.257	65	0.18	1248	1314	99.924
4.999-6.102	0.249	63	0.219	1045	1109	99.91
6.102-8.547	0.299	53	0.229	827	882	99.773
8.547-43.783	0.305	26	0.239	491	546	94.689

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1486	-1.7628	0.434	5.0677	-2.9063	3.534	-0.0037	-0.3295	-0.446	0.4362	0.0342	0.155	0.2947	-0.1075	-0.0305	0.2357	-0.0867	-0.0148	0.2114	0.0176	0.1	1.5381	8.8288	20.4039
2	11.387	-8.2022	7.7489	5.9273	-5.4243	6.8937	-0.1595	0.1203	0.0245	0.0973	-0.0697	0.003	-0.3187	-0.2095	0.2292	0.3769	0.0135	-0.0478	0.4684	-0.0499	0.4688	-16.2206	31.9486	11.2215
3	2.6088	-0.9841	-0.1885	2.6357	-0.4007	1.4962	-0.0154	-0.3393	0.1285	0.3376	-0.0581	0.0558	-0.0791	-0.113	0.0735	0.0929	-0.049	0.0105	0.1768	-0.0474	0.0799	-0.3587	24.5516	20.0205
4	8.0418	-5.5386	-3.905	3.9528	2.021	5.7175	0.3146	0.2911	0.5783	-0.1702	-0.1001	-0.3916	-0.2097	-0.1677	-0.2145	0.1964	0.013	0.0412	0.337	0.0114	0.2083	12.1825	21.139	-1.3144
5	5.4743	-0.1051	-6.031	0.0185	0.1997	7.3438	0.0052	0.083	-0.181	-0.0067	-0.0246	-0.0333	0.0283	-0.074	0.0195	0.0714	0.0306	0.0095	0.1268	0.0143	0.1336	18.353	17.3573	-0.9553
6	3.4613	5.6974	0.2952	9.3921	0.3638	4.3578	0.1554	-0.1882	-0.0111	0.2664	-0.2727	-0.0215	0.1297	0.1763	0.1173	0.1515	-0.0226	-0.0354	0.2392	0.0375	0.132	10.6646	14.6806	18.9447
7	9.4363	-1.2159	0.7032	2.8261	3.474	4.8341	0.0426	-0.3952	-0.2633	0.3381	0.007	-0.0359	0.4272	-0.0269	-0.0495	0.2209	-0.0489	-0.0873	0.3043	0.1353	0.252	20.5327	12.1114	17.0639
8	5.779	2.7365	-1.0018	7.7674	0.5676	6.3231	0.1316	-0.3731	0.2553	0.0582	-0.2253	-0.1662	-0.3315	0.2829	0.0937	0.0625	0.0213	-0.0446	0.1974	0.0352	0.1216	19.7319	17.447	10.5216
9	18.904	-6.255	-10.75	2.6083	2.1839	9.8006	-0.1168	-0.2887	0.2113	-0.1278	-0.0492	-0.2647	0.4153	0.5596	0.1659	0.2183	0.0338	0.0292	0.2188	-0.0325	0.365	21.68	7.6829	1.1502
10	5.6062	-2.2279	2.981	11.5672	-7.131	10.3134	0.0139	-0.1639	-0.0116	0.1203	-0.0255	-0.0059	-0.0565	0.3829	0.0115	0.0347	0.0147	-0.0065	0.1943	-0.0085	0.0902	24.8513	19.155	1.1964
11	1.3641	-0.0309	0.4257	8.0675	-3.7281	1.8564	0.2258	-0.132	0.0271	0.1304	-0.1393	0.1591	-0.0148	0.0509	-0.0865	0.1777	-0.0086	0.0308	0.2054	-0.0248	0.1575	24.8067	24.5857	2.3403
12	7.3532	2.8487	0.4023	1.1197	0.059	0.6367	0.1865	-0.3449	-0.7165	0.0186	-0.1346	-0.2732	0.3394	-0.0902	-0.0518	0.2089	-0.0327	-0.0477	0.1736	0.0245	0.156	8.816	8.1983	9.8161
13	4.6417	2.6612	-0.7083	9.4198	2.3683	6.173	0.088	0.0594	-0.0197	-0.363	-0.0837	-0.3047	-0.114	0.1775	-0.0043	0.0539	0.004	-0.0264	0.142	0.0562	0.1262	12.6587	19.2755	9.1574
14	15.2907	-6.1324	-8.9304	2.5177	3.8118	7.5983	0.139	-0.1671	0.4614	-0.1067	-0.0227	-0.1546	-0.3715	0.0717	-0.1163	0.2909	-0.0594	0.0028	0.2375	-0.0248	0.3317	7.8886	32.5947	14.8439
15	1.0298	-2.8684	0.0117	8.5068	1.3575	4.1077	-0.0127	-0.032	0.035	-0.0567	-0.0368	0.0229	-0.4462	-0.235	0.0494	0.239	-0.0223	0.04	0.2228	-0.0398	0.3159	0.864	29.2046	12.0833
16	2.3936	-1.7019	-0.2445	3.9779	-0.3395	1.8758	-0.1941	-0.5302	-0.1974	0.5351	0.1782	0.3582	0.0759	-0.1131	0.0159	0.2672	-0.0478	0.0448	0.3627	-0.0106	0.127	-4.7974	19.1701	27.9214
17	13.9831	4.6498	-4.9489	18.2979	-1.3446	7.8307	0.2718	-0.5084	0.1668	0.3933	0.0056	0.1728	-0.1734	0.1421	-0.2774	0.1989	-0.0466	0.0118	0.2637	-0.134	0.1936	-4.3745	34.0747	26.7995
18	44.1385	6.65	40.8847	31.6193	15.0629	40.4668	-2.0859	-0.8807	1.8057	0.5072	-0.0212	1.2662	-1.8002	-0.7674	2.1071	0.5214	-0.0872	-0.2767	0.5111	-0.063	1.2027	-8.7618	40.593	17.944
19	1.725	-0.3828	0.016	2.8847	1.2506	2.3566	-0.017	-0.0978	0.1235	0.1309	-0.191	0.5357	-0.2211	-0.3515	0.208	0.1192	-0.0449	0.0108	0.2223	-0.0368	0.1561	-7.8552	22.4411	17.1952
20	2.3643	0.2112	0.1389	0.648	2.0827	6.8435	0.0742	0.2776	-0.3167	0.0883	0.05	-0.066	0.2631	0.1774	-0.1241	0.2409	0.0092	-0.0201	0.2383	-0.0302	0.3036	0.011	2.2007	-2.7248
21	5.7358	-0.3373	-0.507	4.2926	3.9928	6.1898	0.0631	-0.0828	0.0666	0.1379	-0.157	0.3227	-0.0941	-0.4409	0.0939	0.2589	0.1493	-0.0495	0.2485	0.0089	0.157	4.9074	52.207	-2.3887
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29	8.5126	0.0258	-5.266	4.0392	1.0152	11.1685	0.198	-0.0495	0.517	-0.1781	0.0952	-0.2322	-0.4763	0.2359	-0.2933	0.1588	-0.0187	0.0506	0.0874	-0.0062	0.1736	24.0357	53.2836	11.9946
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33	6.933	-1.7791	-6.6259	3.4595	4.9494	9.865	0.1892	-0.1895	-0.0392	-0.1048	0.1037	-0.349	-0.2599	0.2513	-0.2929	0.2257	-0.0158	0.0542	0.1538	0.0234	0.2889	24.4392	48.5777	4.5001
34	5.1571	0.8662	2.3989	5.687	2.5161	1.9232	0.076	0.277	-0.0266	-0.4735	0.0055	-0.1684	-0.1681	0.1185	-0.0815	0.2795	0.019	0.1138	0.2186	0.0169	0.1897	27.2513	42.2093	-5.2558
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36	6.1658	-7.024	-2.7265	9.1411	4.1818	6.3859	0.0547	0.2876	-0.0584	-0.6036	-0.1032	0.3481	0.3123	0.0061	0.0485	0.6311	0.1422	-0.1624	0.4442	0.0077	0.2131	8.9406	45.2862	-19.1847
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38	7.2884	-6.8973	-7.0994	9.9677	10.3376	19.2811	0.0208	0.5978	-0.3524	-0.3928	-0.5071	0.6602	0.361	-1.0008	0.4863	0.2967	0.0929	-0.1124	0.2894	-0.0371	0.196	5.64	43.7845	-9.3087
39	11.6313	-13.4789	-1.3844	17.4791	3.4707	2.0532	0.4013	-0.1122	-0.5403	-0.3678	-0.5465	0.6828	-0.0097	-0.6399	0.1452	0.4759	0.0433	0.0721	0.5009	0.0488	0.5355	7.3947	37.3164	3.1463
40	15.3369	1.5652	3.0222	18.8636	3.093	19.3947	0.044	-0.5203	0.6276	-0.1431	0.1305	0.2198	-0.3392	-0.5206	-0.1745	0.1752	0.0152	0.0778	0.1143	0.006	0.2243	18.8435	32.4332	5.7344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	104 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	110 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	125 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	135 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	146 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	157 - 164
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	165 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	175 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	186 - 196
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	197 - 205
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	206 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	216 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	223 - 241
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	242 - 248
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	249 - 254
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	255 - 270
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	271 - 284
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	48 - 60
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	61 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	80 - 94
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	95 - 106
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	107 - 118
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	119 - 125
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	126 - 136
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	137 - 145
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	146 - 159
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	160 - 168
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	169 - 186
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	187 - 199
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	200 - 205
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	247 - 260
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	261 - 267
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	268 - 278
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	279 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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