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Yorodumi- PDB-3is6: The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3is6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein from Porphyromonas gingivalis to 2A | ||||||
Components | putative permease protein, ABC transporter | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC / transporter / permease / porphyromonas / gingivalis / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Cell membrane / Membrane / Transmembrane | ||||||
| Function / homology | : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / transmembrane transporter activity / plasma membrane / ABC transporter, permease protein, putative Function and homology information | ||||||
| Biological species | Porphyromonas gingivalis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: The Crystal Structure of a domain of a putative Permease protein from Porphyromonas gingivalis to 2A Authors: Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3is6.cif.gz | 108.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3is6.ent.gz | 84.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3is6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3is6_validation.pdf.gz | 462.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3is6_full_validation.pdf.gz | 467.9 KB | Display | |
| Data in XML | 3is6_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 3is6_validation.cif.gz | 31.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/3is6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28041.457 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: pMCSG8 / Source: (gene. exp.) Porphyromonas gingivalis (bacteria) / Strain: W83 / Gene: PG0684, PG_0684 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.4 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG 3000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 39970 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.649 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 1.95→43.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.256 / WRfactor Rwork: 0.212 / SU B: 9.087 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.16 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 19.402 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→43.78 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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