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- PDB-3is5: Crystal structure of CDPK kinase domain from toxoplasma Gondii, T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3is5
タイトルCrystal structure of CDPK kinase domain from toxoplasma Gondii, TGME49_018720
要素Calcium-dependent protein kinase
キーワードTRANSFERASE / toxoplasma gondii / cdpk / structural genomics / parasitology / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / :
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Senisterra, G. / MacKenzie, F. / Hutchinson, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Senisterra, G. / MacKenzie, F. / Hutchinson, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CDPK kinase domain from toxoplasma Gondii, TGME49_018720
著者: Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Senisterra, G. / MacKenzie, F. / Hutchinson, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Lin, Y.H.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase
B: Calcium-dependent protein kinase
C: Calcium-dependent protein kinase
D: Calcium-dependent protein kinase
E: Calcium-dependent protein kinase
F: Calcium-dependent protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,57928
ポリマ－195,6316
非ポリマー3,94822
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19370 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area65160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.973, 113.973, 153.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Calcium-dependent protein kinase


分子量: 32605.246 Da / 分子数: 6 / 断片: kinase domain (UNP residues 112-378) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: ME49 / 遺伝子: TGME49_018720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET15
参照: UniProt: B6KS23, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M Glycine pH 9.5, 13.6% PEG8000, 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96427 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 87230 / Num. obs: 87222 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.361 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 8761 / Rsym value: 0.917 / Χ2: 1.235 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dxn

3dxn


解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.21 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 21.272 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.453 / SU Rfree: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3622 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 72700 --
obs0.22 72046 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.45 Å2 / Biso mean: 26.728 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11865 0 237 154 12256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02212386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.98116809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39151521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54124.728533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.704152031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4271543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2541.57645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.483212231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74334741
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3574.54574
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 246 -
Rwork0.355 4550 -
all-4796 -
obs-4873 90.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.14533.3811.85567.55951.35123.938-0.20580.06150.4468-0.68660.1330.6027-0.1893-0.28110.07280.15960.02880.01210.18360.10150.3203-6.5363-74.918216.6327
23.2977-0.378-0.90713.31191.36765.47750.1759-0.04190.8513-0.19230.15780.0351-0.7075-0.1256-0.33370.1461-0.0244-0.00440.11960.10840.352-10.8053-74.806122.0073
32.8430.8964-0.34724.1213-0.69363.0160.10540.09610.5133-0.1058-0.16240.0344-0.24680.210.0570.0320.00310.01420.19020.01460.2096-9.6257-81.222326.5522
40.7351-1.3212.94682.7228-4.512315.91470.35420.1385-0.2572-0.5771-0.33540.46151.9303-0.0836-0.01870.4351-0.09380.00050.3883-0.15810.5553-18.6184-107.355724.8982
52.5568-0.5864-0.98452.77660.3681.69970.0194-0.17150.16770.04930.06370.0857-0.01640.0036-0.08310.0087-0.0058-0.02570.1765-0.00530.1393-15.2826-91.388232.3516
65.63252.4817-0.39333.55761.33860.96350.02430.29490.7142-0.2169-0.01030.4413-0.1672-0.1342-0.01410.14840.07540.04580.38960.06220.3602-29.4162-86.491531.621
710.4541-4.3196-0.46594.4728-0.84950.74190.09660.5487-0.2883-0.278-0.06880.30540.2192-0.4611-0.02780.0861-0.1558-0.04140.4987-0.03020.3419-35.205-97.888428.2868
84.8338-1.3583-0.89948.55972.03994.2962-0.0745-0.6208-0.5320.34360.06780.70840.3003-0.22910.00670.0535-0.04960.05070.29110.05630.152-27.4332-99.660241.2741
97.12540.29093.11641.39911.25932.3612-0.2493-0.33640.2870.12310.1550.173-0.11480.01610.09430.3564-0.09140.14680.25960.05910.40628.08-66.422633.0713
103.56171.30630.73655.4101-1.01043.92860.1136-0.12270.22340.1839-0.090.6399-0.4149-0.3266-0.02360.1257-0.05220.02660.15690.01340.167410.271-63.786128.1139
113.30130.9093-0.51551.9218-0.92482.28260.13670.05690.0280.01160.050.4228-0.0844-0.2116-0.18680.1119-0.0745-0.02150.09120.03210.17414.1628-66.81722.4544
1238.1832-1.9883-2.758412.40793.66314.93180.4196-1.9336-0.64370.44860.7184-0.14451.72060.9897-1.1380.3839-0.0696-0.23310.40770.1170.234141.1209-73.002929.9162
133.0846-0.83380.09332.5667-1.01512.1085-0.0036-0.0501-0.0069-0.18190.0410.0002-0.06540.1431-0.03740.112-0.0895-0.01980.10140.04350.112427.2612-67.722318.3694
147.0562-1.14361.54616.1329-1.43740.90490.1002-0.2490.4553-0.2189-0.1912-0.0284-0.24830.02380.0910.3457-0.08970.03340.18280.05110.212632.4749-54.430116.8962
150.44261.8583-0.03788.2873-0.88882.08260.00950.0031-0.0896-0.0044-0.0053-0.3067-0.15790.5308-0.00420.2305-0.1679-0.02990.27670.03430.275342.9777-55.465722.0308
165.25131.45140.65385.70340.80054.94340.1060.1933-0.0912-0.7009-0.0481-0.58390.09630.3184-0.0580.1534-0.04680.06640.20490.06920.103640.5359-63.94998.0944
173.38160.9470.54643.73451.75315.2316-0.32830.90590.1655-0.31240.208-0.0975-0.03030.50960.12030.0927-0.14480.01950.40450.03730.044134.0162-94.47399.1454
183.4901-0.67551.1671.5441-0.69543.52450.0060.6483-0.2692-0.32670.17770.31080.09720.0911-0.18370.09-0.1153-0.04190.3332-0.0370.20433.8631-99.299516.5447
192.9397.5866-3.427719.91-7.127416.1920.3519-0.00530.33280.88050.20830.718-1.88620.5331-0.56030.28680.10060.00380.5137-0.15480.55842.985-86.66638.8019
204.0854-1.178-0.09552.1213-0.03635.2825-0.03320.0035-0.56120.05850.13320.01370.40680.0371-0.10.03340.0073-0.00260.2004-0.00790.218642.5746-102.269629.1349
214.8396-0.4916-0.29751.5751-0.09223.21450.11230.4769-0.1224-0.1974-0.0003-0.28060.19280.4193-0.1120.04070.00550.02150.2581-0.04580.204648.4165-98.128826.8613
2216.29471.1848-6.82440.7079-1.96286.52350.03930.36890.83770.048-0.0862-0.2053-0.02980.27580.04690.0594-0.0041-0.13240.4647-0.06250.427960.7605-92.660832.1325
2325.46485.5439-19.53961.8998-6.587122.91680.7133-1.14840.86150.289-0.01220.1597-0.88240.2569-0.70110.3910.1395-0.2070.78990.00410.578655.6081-96.457745.5397
241.657-0.24822.4766.34730.35694.57970.3822-0.137-0.51940.56630.0591-0.2930.85950.4902-0.44140.25140.1347-0.04130.68420.24670.584351.4084-106.996139.4366
256.8436-0.0285-3.20854.1014-0.48394.91930.07680.2074-0.3718-0.2880.0366-0.08630.05140.34-0.11340.1164-0.0483-0.02160.2474-0.03640.052516.0472-107.92225.5592
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452.43731.136-0.62052.2868-0.22296.3911-0.00710.1657-0.227-0.13810.0595-0.29980.60750.3463-0.05240.1562-0.0107-0.03190.1159-0.03630.08857.3587-124.390925.2229
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475.3552-0.23060.67723.2719-0.58372.59930.0297-0.2438-0.20820.1471-0.01110.13050.6208-0.2761-0.01860.2559-0.0885-0.04980.1102-0.02670.0955-6.2468-131.794423.8747
481.12980.51490.03320.392-0.64155.61840.16250.1058-0.27480.0217-0.0601-0.03170.51110.1576-0.10240.2992-0.0758-0.07590.1595-0.09250.1715-6.218-135.103914.4381
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A124 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2A151 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3A183 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4A221 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5A237 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6A283 - 325
7X-RAY DIFFRACTION7A326 - 356
8X-RAY DIFFRACTION8A357 - 395
9X-RAY DIFFRACTION9B125 - 148
10X-RAY DIFFRACTION10B149 - 179
11X-RAY DIFFRACTION11B180 - 219
12X-RAY DIFFRACTION12B220 - 232
13X-RAY DIFFRACTION13B233 - 289
14X-RAY DIFFRACTION14B298 - 325
15X-RAY DIFFRACTION15B326 - 361
16X-RAY DIFFRACTION16B362 - 396
17X-RAY DIFFRACTION17C125 - 183
18X-RAY DIFFRACTION18C184 - 217
19X-RAY DIFFRACTION19C218 - 236
20X-RAY DIFFRACTION20C237 - 267
21X-RAY DIFFRACTION21C268 - 328
22X-RAY DIFFRACTION22C329 - 350
23X-RAY DIFFRACTION23C351 - 366
24X-RAY DIFFRACTION24C367 - 394
25X-RAY DIFFRACTION25D124 - 171
26X-RAY DIFFRACTION26D173 - 183
27X-RAY DIFFRACTION27D184 - 219
28X-RAY DIFFRACTION28D220 - 261
29X-RAY DIFFRACTION29D262 - 302
30X-RAY DIFFRACTION30D303 - 328
31X-RAY DIFFRACTION31D329 - 355
32X-RAY DIFFRACTION32D361 - 394
33X-RAY DIFFRACTION33E121 - 151
34X-RAY DIFFRACTION34E152 - 171
35X-RAY DIFFRACTION35E172 - 183
36X-RAY DIFFRACTION36E184 - 219
37X-RAY DIFFRACTION37E220 - 247
38X-RAY DIFFRACTION38E248 - 283
39X-RAY DIFFRACTION39E287 - 314
40X-RAY DIFFRACTION40E315 - 333
41X-RAY DIFFRACTION41E334 - 392
42X-RAY DIFFRACTION42F123 - 149
43X-RAY DIFFRACTION43F150 - 178
44X-RAY DIFFRACTION44F179 - 239
45X-RAY DIFFRACTION45F240 - 261
46X-RAY DIFFRACTION46F262 - 300
47X-RAY DIFFRACTION47F301 - 343
48X-RAY DIFFRACTION48F344 - 379
49X-RAY DIFFRACTION49F380 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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