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- PDB-3is3: Crystal structure of 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase (Apo for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3is3
タイトルCrystal structure of 17beta-Hydroxysteroid dehydrogenase (Apo form) from fungus Cochliobolus lunatus
要素17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydroxysteroid dehydrogenase / Short Chain Dehydrogenase/Reductase / SDR / steroid / Fungi / Cochliobolus lunatus
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cochliobolus lunatus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies on a fungal 17beta Hydroxysteroid dehydrogenase
著者: Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I. / Stojan, J. / Rizner, T.L. / Kristan, K.
履歴
登録2009年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2065
ポリマ－28,9371
非ポリマー2694
水5,332296
1
A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,41110
ポリマ－57,8732
非ポリマー5388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
2
A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,82320
ポリマ－115,7464
非ポリマー1,07616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area17420 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area34550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.914, 67.914, 268.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 28936.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cochliobolus lunatus (菌類) / 株: m118 / 遺伝子: 17HSDcl / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM107 / 参照: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (W/V) PEG 6000, 20% (V/V) Glycerol, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: Platinum Coated three segment toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→28.8 Å / Num. all: 52140 / Num. obs: 52140 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1894 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0094精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G0O

1g0o


解像度: 1.48→23.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.389 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18828 5215 10.1 %RANDOM
Rwork0.17495 ---
all0.17633 51846 --
obs0.17633 51846 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→23.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 15 296 2275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.942778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0415264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39423.63688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.11315326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4261512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7731.51303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30422087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2273752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5294.5690
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.482→1.521 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 328 -
Rwork0.303 3041 -
obs-3041 87.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3373-0.519-0.0410.89290.05251.1982-0.0358-0.07030.13210.0607-0.02050.0064-0.219-0.12750.05630.0830.0095-0.0090.0539-0.02110.0911-9.97112.54717.693
21.820.8559-0.00652.0189-0.08681.5441-0.0335-0.04720.07460.0101-0.0507-0.2765-0.32020.12490.08420.1242-0.0151-0.03570.0365-0.00720.1174-0.50418.4244.796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2A209 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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