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- PDB-3irb: Crystal structure of protein with unknown function from DUF35 fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3irb
タイトルCrystal structure of protein with unknown function from DUF35 family (13815350) from SULFOLOBUS SOLFATARICUS at 1.80 A resolution
要素uncharacterized protein from DUF35 family
キーワードacyl-CoA binding protein / 13815350 / protein with unknown function from DUF35 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Domain of unknown function DUF35 / unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #10 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / : / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / Nucleic acid-binding proteins / Helix non-globular / Special ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #10 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / : / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / Nucleic acid-binding proteins / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: The structure of SSO2064, the first representative of Pfam family PF01796, reveals a novel two-domain zinc-ribbon OB-fold architecture with a potential acyl-CoA-binding role.
著者: Krishna, S.S. / Aravind, L. / Bakolitsa, C. / Caruthers, J. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / ...著者: Krishna, S.S. / Aravind, L. / Bakolitsa, C. / Caruthers, J. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kumar, A. / Marciano, D. / McMullan, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Reyes, R. / Rife, C.L. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年9月1日ID: 2GNR
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein from DUF35 family
B: uncharacterized protein from DUF35 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,10312
ポリマ－33,2752
非ポリマー82710
水3,621201
1
A: uncharacterized protein from DUF35 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0876
ポリマ－16,6381
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: uncharacterized protein from DUF35 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0156
ポリマ－16,6381
非ポリマー3785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
4
A: uncharacterized protein from DUF35 family
B: uncharacterized protein from DUF35 family
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein from DUF35 family
B: uncharacterized protein from DUF35 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,20524
ポリマ－66,5514
非ポリマー1,65520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area10860 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.170, 75.170, 115.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. CRYSTAL PACKING SUGGESTS A POSSIBLE DIMER OR TETRAMER IN THE CRYSTAL.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein from DUF35 family


分子量: 16637.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: 13815350, SSO2064 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97WQ4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQ/G. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQ/G. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370,0.979386,0.979170
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.9793861
30.979171
反射解像度: 1.8→26.939 Å / Num. obs: 31362 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.056 % / Biso Wilson estimate: 24.984 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.860.7921.9190585114193
1.86-1.940.6182.5240716369199.9
1.94-2.030.4453.4225405952199.9
2.03-2.130.324.5209515521199.9
2.13-2.270.2236.32348761821100
2.27-2.440.1847.5216465690199.9
2.44-2.690.1459228235995199.9
2.69-3.070.09812219685776199.9
3.07-3.870.05619.2224625938199.9
3.87-26.9390.03130.1222875928199.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0099精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→26.939 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 5.468 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ZINC IONS ARE MODELED IN THE CONSERVED RUBREDOXIN DOMAIN ZINC BINDING SITE IN EACH CHAIN. THE PRESENCE OF ZINC IS SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND COORDINATION GEOMETRY. 5. ACETATE (ACY) AND SULFATE IONS (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1560 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 31317 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.31 Å2 / Biso mean: 24.083 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2146 0 40 201 2387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9683098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84533695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7535285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35524.414111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87215369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.84631375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5313561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19452213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4678900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2311876
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 95 -
Rwork0.261 2159 -
all-2254 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4098-0.5330.11291.6983-0.4951.1612-0.01860.0112-0.02860.02320.0009-0.0829-0.08860.09370.01770.0225-0.0043-0.01020.0114-0.00780.02789.48330.39813.809
20.39830.02780.53390.6475-0.01592.2305-0.0326-0.0154-0.02660.02690.03590.03830.0766-0.1429-0.00330.0461-0.03840.00040.05030.00510.0322-1.44320.24626.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 144
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 144
4X-RAY DIFFRACTION2B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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