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- PDB-3ir9: C-terminal domain of Peptide Chain Release Factor from Methanosar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ir9
タイトルC-terminal domain of Peptide Chain Release Factor from Methanosarcina mazei.
要素Peptide chain release factor subunit 1
キーワードstructural genomics / unknown function / APC36528.1 / C-terminal domain / Peptide Chain Release Factor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Cytoplasm / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor aRF1 / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 ...Peptide chain release factor aRF1 / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Ribosomal protein L30/S12 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / 50S ribosomal protein L30e-like / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.207 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Rakowski, E. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of C-terminal domain of Peptide Chain Release Factor from Methanosarcina mazei.
著者: Osipiuk, J. / Rakowski, E. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide chain release factor subunit 1
B: Peptide chain release factor subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3384
ポリマ－36,2082
非ポリマー1312
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.124, 116.124, 71.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細putative biological unit is a dimer, the same as asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Peptide chain release factor subunit 1 / Translation termination factor aRF1


分子量: 18103.809 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 株: Go1 / 遺伝子: MM_1347, prf1 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PX75
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES buffer, 70% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.207→41.1 Å / Num. obs: 35874 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 62.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.207→41.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: twinned crystal: twin fraction 0.50, twin operator "h,-h-k,-l"
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 1831 5.1 %
Rwork0.1559 --
obs0.1583 35874 99.29 %
all-35874 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.762 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.472 Å20 Å20 Å2
2---4.472 Å2-0 Å2
3---8.945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.207→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2427 0 2 36 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8963332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.689894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2074-2.24990.33661080.33891724X-RAY DIFFRACTION98
2.2499-2.29580.3585940.31541982X-RAY DIFFRACTION98
2.2958-2.34570.34831100.31661876X-RAY DIFFRACTION98
2.3457-2.40020.3135880.29451877X-RAY DIFFRACTION98
2.4002-2.46030.31861100.3071916X-RAY DIFFRACTION98
2.4603-2.52680.3374960.29521934X-RAY DIFFRACTION98
2.5268-2.60110.3629900.29111858X-RAY DIFFRACTION98
2.6011-2.68510.32671000.27511894X-RAY DIFFRACTION98
2.6851-2.7810.3311180.25351912X-RAY DIFFRACTION98
2.781-2.89230.268980.24441905X-RAY DIFFRACTION98
2.8923-3.02390.28911300.21161886X-RAY DIFFRACTION98
3.0239-3.18330.28251110.18871878X-RAY DIFFRACTION98
3.1833-3.38260.21621020.17531933X-RAY DIFFRACTION98
3.3826-3.64370.20661110.1421842X-RAY DIFFRACTION98
3.6437-4.01010.13851000.11911935X-RAY DIFFRACTION98
4.0101-4.58970.1048820.08871902X-RAY DIFFRACTION98
4.5897-5.780.1531850.09411915X-RAY DIFFRACTION98
5.78-41.12880.1297920.09881880X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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