PDB-3iqo: 1.5 angstrom X-ray structure of bovine Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iqo

タイトル

1.5 angstrom X-ray structure of bovine Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Toth, E.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Effects of CapZ Peptide (TRTK-12) Binding to S100B-Ca(2+) as Examined by NMR and X-ray Crystallography
著者: Charpentier, T.H. / Thompson, L.E. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Wilder, P.T. / Pozharski, E. / Toth, E.A. / Weber, D.J.

履歴

登録	2009年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iqo.cif.gz	54.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iqo.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3iqo_validation.pdf.gz	403.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iqo_full_validation.pdf.gz	404.3 KB	表示
XML形式データ	3iqo_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	3iqo_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iqqC 1mhoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gk1-1 3gk2-1 3cga-d 1mho-1 3lk1-1 4pdz-d 3cr2-1 3gk4-1 5er4-1 3rlz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-B

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.637, 35.044, 58.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.620, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10681.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 25% PEG3350, 7.5mM CaCl2, 100mM Cacodylate buffer, pH 6.3, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→32.63 Å / Num. obs: 26110 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.09 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	1.5	0.247	2097	1.04	1	72.7
1.55-1.62	1.8	0.24	2505	1.079	1	85.8
1.62-1.69	2.1	0.223	2698	1.07	1	93.9
1.69-1.78	2.4	0.177	2851	1.084	1	98.1
1.78-1.89	2.8	0.156	2849	1.336	1	98.5
1.89-2.04	3.1	0.124	2864	1.102	1	98.4
2.04-2.24	3.2	0.088	2837	1.03	1	97.2
2.24-2.56	3.1	0.063	2758	1.07	1	94.1
2.56-3.23	2.9	0.047	2689	1.051	1	91.1
3.23-50	2.5	0.04	1962	0.934	1	64.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.63 Å
Translation	2.5 Å	32.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MHO

1mho

解像度: 1.5→32.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.314 / WR_factor R_work: 0.269 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.764 / SU B: 4.61 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / SU R_free: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1323	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	26069	89.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.71 Å² / B_iso mean: 32.557 Å² / B_iso min: 21.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.96 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1420	0	4	143	1567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.954	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.338	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.981	26.41	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.452	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.563	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.817	1.5	910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.216	2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.391	3	612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.807	4.5	543

LS精密化シェル

解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	67	-
R_work	0.238	1408	-
all	-	1475	-
obs	-	-	68.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	41.899	9.6231	10.8173	19.0146	9.2414	20.8619	0.3395	-0.4385	-1.9976	0.7207	-0.0047	-0.4875	0.878	-0.0043	-0.3348	-0.1337	-0.0002	0.0065	-0.1658	0.0118	-0.0778	5.5757	-3.764	-2.6539
2	38.3192	-11.1288	6.4252	6.9542	-2.3947	2.1126	-0.027	0.9913	-0.2666	-0.3484	-0.0592	0.2076	0.2154	-0.1424	0.0861	-0.1389	-0.0445	0.014	-0.06	-0.0312	-0.2115	-5.5964	0.8379	-6.7966
3	4.852	0.0905	0.6927	4.8436	-2.9945	9.6619	-0.0472	0.5293	0.0123	-0.2175	0.1385	0.262	0.0037	-0.1943	-0.0913	-0.1743	-0.0218	-0.0098	-0.1277	0.0079	-0.18	-16.4584	4.7316	-4.9139
4	5.7602	-3.429	1.0981	6.1429	-2.3299	3.5205	-0.2217	-0.3173	0.3483	0.3283	0.1887	-0.033	-0.145	-0.111	0.033	-0.1066	0.0024	-0.0286	-0.1311	-0.0194	-0.0937	-17.1241	10.1229	5.3163
5	11.5837	-1.4855	8.3225	5.2742	-3.0737	15.826	0.1117	0.7057	0.285	-0.2336	0.0615	0.1815	-0.1332	0.2318	-0.1732	-0.1546	-0.0138	-0.0015	-0.1466	0.0411	-0.1099	-8.5258	11.8899	-3.7343
6	14.2059	-2.6776	8.6141	30.4046	-5.8413	33.0265	-0.3401	-1.3651	-0.4584	3.3623	0.431	-0.4085	-0.1069	0.3066	-0.091	0.2192	0.0491	-0.019	0.0358	0.011	-0.1213	-1.4594	6.6223	12.1704
7	43.8215	-5.263	-2.8122	23.1698	-2.4082	12.8083	0.203	-0.554	3.1153	-0.1218	-0.2963	0.602	-0.4933	0.4015	0.0933	-0.1851	-0.0149	-0.0321	-0.1358	-0.0912	0.1867	7.2772	2.4573	-26.0885
8	39.8477	5.6882	-5.1045	10.2168	0.5634	0.8314	-0.2036	-1.2533	1.0348	0.709	0.2089	-0.2216	-0.063	0.0494	-0.0053	-0.1204	0.0359	-0.0231	-0.0507	-0.0764	-0.1175	-4.2941	-2.0752	-22.2581
9	3.981	-0.4105	-0.0521	6.1969	-3.5325	11.4674	0.0083	-0.3143	0.0057	0.3001	0.1303	0.3402	-0.0362	-0.3487	-0.1386	-0.1739	0.0079	0.0219	-0.1341	0.0034	-0.1695	-15.1842	-5.9107	-24.1402
10	4.6916	3.409	-0.9012	5.9467	-1.2612	2.5097	-0.0514	0.3455	-0.1891	-0.3486	0.0607	-0.0282	0.0817	-0.1088	-0.0092	-0.1217	0.0165	-0.0004	-0.0974	-0.0075	-0.0965	-15.8085	-11.3926	-34.313
11	8.7049	0.543	-6.6745	7.5883	-2.6753	12.1754	0.0702	-0.3788	-0.2586	0.3882	0.0195	0.2241	-0.0034	0.1561	-0.0896	-0.1537	0.0109	0.0008	-0.1651	0.0394	-0.1366	-7.2887	-13.1308	-25.2107
12	9.3801	-1.0022	-6.6602	7.3191	-10.7405	31.4205	-0.1653	0.5917	-0.0619	-0.6648	-0.2238	-0.006	0.3715	0.1321	0.3891	-0.0406	-0.0031	0.0015	-0.0974	0.0049	-0.1563	0.2168	-8.0218	-41.0376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 5
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	6 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	17 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	41 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	64 - 78
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	79 - 88

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)