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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iqa | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BlaC covalently bound with Doripenem | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / penicillin binding protein / beta-lactam covalent adduct / Antibiotic resistance / Cell membrane / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of Mycobacterium tuberculosis beta-lactamase with the carbapenems ertapenem and doripenem. 著者: Tremblay, L.W. / Fan, F. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 733.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 734 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28272.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DRW / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | DORIPENEM BETA-LACTAM RING OPEN AND COVALENTLY BOUND TO AMBLER NUMBERED RESIDUE SER70 (MTBLAC SER84) ...DORIPENEM BETA-LACTAM RING OPEN AND COVALENTLY | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2 M NH4H2PO4, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Channel Cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13696 / Num. obs: 13696 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 13.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 3.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 13695 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DWZ 解像度: 2.2→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.77 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.02 Å2 / Biso mean: 8.264 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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