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- PDB-3iq7: Crystal Structure of human Haspin in complex with 5-Iodotubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iq7
タイトルCrystal Structure of human Haspin in complex with 5-Iodotubercidin
要素Serine/threonine-protein kinase haspin
キーワードTRANSFERASE / Haspin / Germ cell associated 2 / haploid germ cell specific nuclear protein kinase / SGC / Structural Genomics Consortium / ATP-binding / Cell cycle / Chromatin regulator / Kinase / Magnesium / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / IODIDE ION / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase haspin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Eswaran, J. / Keates, T. / Burgess-Brown, N. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Eswaran, J. / Keates, T. / Burgess-Brown, N. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure and functional characterization of the atypical human kinase haspin.
著者: Eswaran, J. / Patnaik, D. / Filippakopoulos, P. / Wang, F. / Stein, R.L. / Murray, J.W. / Higgins, J.M. / Knapp, S.
履歴
登録2009年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase haspin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4506
ポリマ－40,7111
非ポリマー7385
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.034, 78.486, 87.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase haspin / Haspin / Haploid germ cell-specific nuclear protein kinase / H-haspin / Germ cell-specific gene 2 protein


分子量: 40711.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 465-798 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSG2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 267分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 % / Mosaicity: 0.51 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4M (NH4)H2PO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.15 Å / Num. all: 32676 / Num. obs: 32676 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4697 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.15 Å
Translation2.5 Å29.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.2データスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VUW

2vuw


解像度: 2→29.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.897 / SU B: 6.132 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU Rfree: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1440 4.4 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.174 32633 --
obs0.174 32620 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86 Å2 / Biso mean: 20.973 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2599 0 34 262 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.9683702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2793.0014518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1975331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62524.18122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7315484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.531651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2173669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.75552679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.85681084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.161111023
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 112 -
Rwork0.307 2269 -
all-2381 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3305-3.06-2.71763.37980.92671.02910.3050.54160.4125-0.3319-0.1478-0.1997-0.1075-0.2016-0.15720.2226-0.05080.02050.09640.01280.03254.333-17.441-29.504
20.31230.240.20870.91070.37050.40020.015-0.0180.0192-0.0468-0.06710.01340.0427-0.04450.05210.0953-0.01260.00050.05840.0110.03723.843-13.097-17.137
30.856-0.2080.17250.6111-0.01650.862-0.045-0.09380.02620.13810.0316-0.04710.00390.03620.01340.09120.0106-0.03470.0576-0.00720.024414.178-0.933-0.455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A471 - 486
2X-RAY DIFFRACTION2A487 - 610
3X-RAY DIFFRACTION3A611 - 798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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