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- PDB-3iq3: Crystal Structure of Bothropstoxin-I complexed with polietilene g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iq3
タイトルCrystal Structure of Bothropstoxin-I complexed with polietilene glicol 4000 - crystallized at 283 K
要素Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
キーワードTOXIN / Homologue Phospholipase A2 / Bothropstoxin-I / BthTX-I_10C / Lys49-PLA2 from Bothrops jararacussu / Snake venom / Antibiotic / Antimicrobial / Disulfide bond / Myotoxin / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog bothropstoxin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararacussu (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Marchi-Salvador, D.P. / Silva, M.C.O. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.M.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Comparison between apo and complexed structures of bothropstoxin-I reveals the role of Lys122 and Ca(2+)-binding loop region for the catalytically inactive Lys49-PLA(2)s.
著者: Fernandes, C.A. / Marchi-Salvador, D.P. / Salvador, G.M. / Silva, M.C. / Costa, T.R. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Bothropstoxin-I Chemically Modified by p-Bromophenacyl Bromide Reveals Importante Structural Changes Associated With the Inhibition of Myotoxic Activity
著者: Salvador, G.H.M. / Marchi-Salvador, D.P. / Silva, M.C.O. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2009年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32011年11月30日Group: Database references
改定 1.42012年4月4日Group: Database references
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
B: Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7607
ポリマ－27,5042
非ポリマー1,2555
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2994
ポリマ－13,7521
非ポリマー5473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4613
ポリマ－13,7521
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.500, 70.800, 43.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 homolog bothropstoxin-1 / Phospholipase A2 homolog 1 / Bothropstoxin I / BthTX-I / BtxtxI / BOJU-I / Myotoxic phospholipase A2-like


分子量: 13752.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom Glands / 由来: (天然) Bothrops jararacussu (ヘビ) / 参照: UniProt: Q90249
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細D TO N CONFLICT IN UNP ENTRY Q90249

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29% PEG 4000, 0.1M Tris HCl, 0.2M Lithium Sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL - Si curved crystal asymmetrically-cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 32689 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.73
反射 シェル解像度: 1.55→1.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry (3HZD)

3hzd


解像度: 1.55→18.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.573 / SU ML: 0.074 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24647 1652 5.1 %RANDOM
Rwork0.20049 ---
obs0.20291 30990 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.107 Å0.146 Å
Luzzati d res low-4.621 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→18.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 82 241 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6322.0172712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86523.84678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60215376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1951.51219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77821922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8643912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it44.5790
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.80532131
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.263241
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.98731988
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 124 -
Rwork0.258 2299 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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