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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ipz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis monothiol glutaredoxin AtGRXcp | ||||||
要素 | Monothiol glutaredoxin-S14, chloroplastic | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE / glutaredoxin / monothiol / Chloroplast / Plastid / Redox-active center / Transit peptide / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast envelope / antiporter activity / chloroplast stroma / monoatomic cation transport / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Li, L. / Cheng, N. / Wang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010 タイトル: Structure of Arabidopsis chloroplastic monothiol glutaredoxin AtGRXcp. 著者: Li, L. / Cheng, N. / Hirschi, K.D. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ipz.cif.gz | 36 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ipz.ent.gz | 23.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ipz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ipz_validation.pdf.gz | 414.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ipz_full_validation.pdf.gz | 416.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ipz_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ipz_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/3ipz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ykaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12354.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GRXS14, CXIP1, At3g54900, F28P10.120 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84Y95 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 10% MPD, 1.0M PBS, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月22日 / 詳細: Blue Max-Flux Confocal Optical |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 8608 / Num. obs: 8608 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 833 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1YKA 解像度: 2.4→24.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 163876.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.4796 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.02 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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